SCENIC(1.1.2)改用SCENIC(1.3.1)解决报错 恰好这两天有一个学徒也是遇到了同样的报错,没有第一时间去修改版本,而是尝试读源代码方式解决: 因为服务器网络临时出现了问题,但是项目比较急,就不得不本地跑单细胞拟时序分析的monocle2包 ,运行脚本如下: 到cds <- orderCells(cds)这一步的时候报错了 if(class(pro...
orderCells()函数报错问题——修改后monocle2包 师弟在做单细胞拟时序分析的时候遇到了报错: monocle 2.24.1 orderCells() Error in if (isSparseMatrix(counts)) { : the condition has length > 1 Calls: subMonocle2 ... estimateSizeFactors -> .local -> estimateSizeFactorsForMatrix 查到的常规解决办法...
这个monocle2的orderCells报错我们已经多次分享了,无非就是R包升级导致的问题,见:解决monocle中orderCells报错的一波三折,如果是在个人电脑,无论是Mac还是Windows我们很容易跟着上面的教程解决这个monocle2的orderCells报错,但是很多小伙伴是在Linux环境的服务器使用monocle2,因为拟时序分析非常耗费计算机资源。但是好多人在L...
5. windows 安装7-Zip软件,先压缩成tar文件,再压缩成gz文件。 6. 安装monocle_2.24.0.tar.gz软件。 7.Done. and managed to run the 'orderCells(cds)'.
这个报错的原因是细胞数量太多导致矩阵太大,在monocle2中会发生报错。有两个解决方案: 1.更新使用monocle3软件(推荐)。 2.减少用于拟时序分析的细胞数量或者特征数量。代码示例如下: # sce是矩阵monocle.matrix<-as.matrix(sce@assays$RNA@counts[disp.genes,],'sparseMatrix')# 事先使用高变基因或特定基因进行提...
现在已经没有这个报错问题了 直接官网:bioconductor.org/packag 按照提示,用BiocManager::install("monocle") 安装就可以。现在是2.28.0版本。 废话版: 以前解决报错的帖子: 360doc.com/content/22/0 zhuanlan.zhihu.com/p/61 也许有人自学的时候会从别处听说要装个修改后的2.24.0版本,现在是2023年9月,已经没有...
哪怕是在Linux服务器也可以解决monocle2的orderCells报错 ixxmu/mp_duty#3404 Closed XiongYuZhang commented May 16, 2023 I have the same problem, did you solve it? Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) : the condition has length > 1 此外: War...
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