Monocle2的报错:完美解决“运行monocle至ordercell的时候报错” R升级为4.2版本后,做单细胞谱系发育分析,运行monocle至ordercell的时候报错 Monocle2的报错最经典的就是运行orderCells函数会报错: Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) : 方法一 解决问题的方法就是从...
orderCells()函数报错问题——修改后monocle2包 师弟在做单细胞拟时序分析的时候遇到了报错: monocle 2.24.1 orderCells() Error in if (isSparseMatrix(counts)) { : the condition has length > 1 Calls: subMonocle2 ... estimateSizeFactors -> .local -> estimateSizeFactorsForMatrix 查到的常规解决办法...
报错的具体信息: cds<-orderCells(cds)# Error in graph.adjacency.dense(adjmatrix, mode = mode, weighted = weighted, :# long vectors not supported yet: ../../src/include/Rinlinedfuns.h:138# Calls: orderCells ... project2MST -> graph.adjacency -> graph.adjacency.dense -> .Call 这个报...
这个monocle2的orderCells报错我们已经多次分享了,无非就是R包升级导致的问题,见:解决monocle中orderCells报错的一波三折,如果是在个人电脑,无论是Mac还是Windows我们很容易跟着上面的教程解决这个monocle2的orderCells报错,但是很多小伙伴是在Linux环境的服务器使用monocle2,因为拟时序分析非常耗费计算机资源。但是好多人在L...
if(class(projection)!='matrix')projection<-as.matrix(projection) to projection<-as.matrix(projection) 4. save the 'order_cell.R' file. 5. windows 安装7-Zip软件,先压缩成tar文件,再压缩成gz文件。 6. 安装monocle_2.24.0.tar.gz软件。 7.Done. and managed to run the 'orderCells(cds)'....
ordering the cells=> orderCells() #getwd() #source("./order_cells.R") #unloadNamespace('monocle') #devtools::load_all("../monocle_2.26.0 (1).tar/monocle_2.26.0 (1)/monocle/") devtools::load_all("/home/data/t040413/ipf/diseased_lung_covid20/monocle/") cds <- orderCells(cds...
cds<-order_cells(cds)p=plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime",label_cell_groups=FALSE,label_leaves=FALSE,label_branch_points=FALSE,graph_label_size=3)ggsave("Trajectory_Pseudotime.pdf",plot=p,width=8,height=6)saveRDS(cds,file="cds.rds") ...
这个monocle2的orderCells报错我们已经多次分享了,无非就是R包升级导致的问题,见:解决monocle中orderCells报错的一波三折,如果是在个人电脑,无论是Mac还是Windows我们很容易跟着上面的教程解决这个monocle2的orderCells报错,但是很多小伙伴是在Linux环境的服务器使用monocle2,因为拟时序分析非常耗费计算机资源。但是好多人在...
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