当我满心欢喜期待问题解决的时候,运行orderCells仍然出现同样的报错,问题依然存在! 于是我怀疑刚刚改过的包并没有被成功加载,加载的,是之前新版本的monocle包,于是我重启R studio ,重新来了一遍,发现到monocle加载不了,显示没有这个包,推测这是因为我修改后的monocle包虽然被我拖到library文件夹中了,但是并没有被成...
师弟在做单细胞拟时序分析的时候遇到了报错: monocle 2.24.1 orderCells() Error in if (isSparseMatrix(counts)) { : the condition has length > 1 Calls: subMonocle2 ... estimateSizeFactors -> .local -> estimateSizeFactorsForMatrix 查到的常规解决办法是https://github.com/cole-trapnell-lab/mono...
原文链接:monocle 2.24.1 orderCells() 函数报错问题 改完之后 只有正常的warning啦 这些警告提示表明在使用旧版参数时,使用了 graph.dfs() 函数。 这些参数已经被废弃,应该使用新的参数名 mode。 如果想解决这个问题,需要修改代码,将 neimode 参数替换为 mode 参数。 # 旧版代码 graph.dfs(dp_mst, root = ...
这是monocle 本身的版本或者 R语言版本更新导致函数不兼容,具体表现是 orderCells() 函数涉及一句判断语句:Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) : the condition has length > 1 这是版本不兼容导致的: projection <- rbind(projection, tmp) -> "matrix", "a...
Monocle 2 中 orderCells () 报错问题解决方法 吹不散的烽烟关注IP属地: 内蒙古 0.3522022.06.20 12:04:10字数122 1. download monocle from https://www.bioconductor.org/packages/3.15/bioc/src/contrib/Archive/monocle/ 2. decompress the package 'monocle_2.24.0.tar.gz', and get a 'monocle' ...
#---##Order cells (calculate pseudotime) by dimension reduction results (not PCA) produced by reduceDimension()Monocle2_object<-orderCells(Monocle2_object,num_paths=1)#---##Show the dimention reduction and pseudotime resultsplot_cell_trajectory(Monocle2_object)...
monocle 2.24.1 orderCells 函数报错问题 原函数包自身的问题罢了,解决办法也很简单: 1.下载一个2.24.0版本的:/packages/3.15/bioc/src/contrib/Archive/monocle/ 2. 解压出一个monocle文件夹,里面找到/monocle/R/order_cell.R函数文件,打开编辑 3.删掉下文中的一行...
Hi Monocle works well on 10x dataset about 3k cells, but when I move on to larger dataset like about 30k cells, the orderCells() takes about 36 hours, I wonder whether this step can be paralleled? Thanks.Collaborator Xiaojieqiu commented Aug 3, 2017 Hi Yifang, Monocle 2 should be ...
1. windows平台上无论利用socket()函数还是WSASocket()函数创建的socket都是阻塞模式的： SOCKET WSAAPI ...
publicObject[]orderCells(booleanback) { returnorderCells(back,null); } 代码示例来源:origin: com.github.vlsi.mxgraph/jgraphx /** * */ publicvoidactionPerformed(ActionEvente) { mxGraph graph=getGraph(e); if(graph!=null) { booleantoBack=getValue(Action.NAME).toString() ...