OPLS-AA力场是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质。其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能;非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。其中,LJ对相互作用采用混合法则,如标准混合法则LB。 OPLS-AA力场与TraPPE力场的参数化策略不同,其非键参数来源于对模型...
一、OPLS-AA力场简介 OPLS-AA(Optimized Potentials for Liquid Simulations - All Atom)是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质。其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能、Fourier扭矩势能;非键相互作用包括LJ势和...
OPLS-AA力场是一种全原子力场,适用于液体体系的模拟。它包括了键结作用和非键相互作用,其中键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能,非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。OPLS-AA力场在模拟液体体系方面表现出色,但它可能并不适用于所有类型的分子或所有类型的模拟。 二、氧化石墨烯的特殊性质和结构特点 氧...
可能用不到moltemplate上，我在想要不要用moltmplate手动把oplsaa/M的力场文件转成motemplate的力场形式...
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗，不建议改变，虽然可以改 第二列是bond type，是OPLS-AA特有的，不...
OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场; 聚合物建模方法; Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 聚合物PDB文件生成; 开始模拟。 本文中所用到的文件可以在以下链接获取: 链接:https://pan.baidu.com/s/1UgZ0j2Wr1w1URTdzdlS-1Q提取码: 8mrg 1
这里采用的是原始的OPLSAA力场参数。上述论文中的优化参数可根据本例中提供的文件进行简单修改得到。全氟聚醚主要有四种结构。本例中实现的是PFPE K。其他结构通过修改对应的.lt文件就可得到。 PFPE K 聚合度100 以下为对应的各个文件:...
包含有自定义的原子类型, 如果直接使用的话, grompp时找不到所需的原子类型, 导致出错. 解决方法是下载TPPMKTOP扩充的OPLSAA力场. 下载解压后将其放于类似C:GMXGMX5.1.4sharegromacstop的目录下, 并将文件夹更名为oplsaa-erg.ff, 在拓扑文件中#include "oplsaa-erg.ff/forcefield.itp"就可以引用新的力场...
Gromacs oplsaa 只有两种形式的proper dihedral 力场函数吗？periodical 和 RB 还有其他形式的吗？
内容提示: 基于蛋白质卷曲库改进 OPLS-AA 分子力场 蒋帆1 ,周晨阳2 ,吴云东1,2,* 1 北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院,深圳市西丽大学城北京大学校区,518055 2 北京大学化学与分子工程学院,北京市海淀区北京大学,100871 *Email: chydwu@ust.hk 当前用于蛋白质模拟的分子力场会给出不同的二级结构...