OPLS-AA力场是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质。其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能;非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。其中,LJ对相互作用采用混合法则,如标准混合法则LB。 OPLS-AA力场与TraPPE力场的参数化策略不同,其非
一、OPLS-AA力场简介 OPLS-AA(Optimized Potentials for Liquid Simulations - All Atom)是一种全原子力场,用于模拟凝聚态物质的物化性质。其力场函数形式包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能、Fourier扭矩势能;非键相互作用包括LJ势和...
OPLS-AA力场是一种全原子力场,适用于液体体系的模拟。它包括了键结作用和非键相互作用,其中键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能,非键相互作用包括LJ势和Coulomb势。OPLS-AA力场在模拟液体体系方面表现出色,但它可能并不适用于所有类型的分子或所有类型的模拟。 二、氧化石墨...
可能用不到moltemplate上，我在想要不要用moltmplate手动把oplsaa/M的力场文件转成motemplate的力场形式...
1. OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场; 2. 聚合物建模方法; 3. Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 4. 聚合物PDB文件生成; 5. 开始模拟。 第一步: 尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场,但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发的力场。不同于蛋白质/核算具有有限种类的残基,聚合物...
OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场; 聚合物建模方法; Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 聚合物PDB文件生成; 开始模拟。 本文中所用到的文件可以在以下链接获取: 链接:https://pan.baidu.com/s/1UgZ0j2Wr1w1URTdzdlS-1Q提取码: 8mrg 1
1)复制该文件smile格式 2)draw molecule空白框内右键单击,之后选择paste smiles 3)输入smiles之后选择accept 10、点击generate 3D 11、输入邮箱之后点击提交 12、弹出以下页面: 13、点击链接进去就是所需要的力场文件,分别有itp,gro和lammps data格式的文件,需要等待一会儿,同时,完成后你的邮箱里也会收到结果: ...
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗，不建议改变，虽然可以改 第二列是bond type，是OPLS-AA特有的，不...
我采用以上力场进行模拟，但是运行到MD最后一步时终止了，而且还出现了Fatal error:Too many LINCS ...
用Tinker调用opls-aa力场计算苯甲醇，苯环的C,H选 atom 90 48 CA "Aromatic C" 6 ...