05 老师您好，参加了您的gromacs培训班，受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中，第48页PPT(不同力场...
用Tinker调用opls-aa力场计算苯甲醇，苯环的C,H选 atom 90 48 CA "Aromatic C" 6 ...
如果直接使用的话, grompp时找不到所需的原子类型, 导致出错. 解决方法是下载TPPMKTOP扩充的OPLSAA力场. 下载解压后将其放于类似C:GMXGMX5.1.4sharegromacstop的目录下, 并将文件夹更名为oplsaa-erg.ff, 在拓扑文件中#include "oplsaa-erg.ff/forcefield.itp"就可以引用新的力场文件了. ...
的理论拉伸强度、模量和断裂伸长率等信息，目前在调试lammp的in文件和data文件，想用OPLS-AA力场。
tppmktop是获得有机分子OPLSAA力场拓扑文件的好工具, 但也存在一定的不足. 一是不支持周期性分子, 二是提供的网络服务同时只能运行一个任务. 为此, 我觉得还是有必要自己做一个简单OPLSAA力场拓扑生成器GMXTOP, 一则可用于理解力场拓扑的生成方法, 二则可用于检查其他方法得到的拓扑是否合适. ...
如果你为工程的解决方案(solution)创建文件夹的话，会有两个debug文件夹的，你往外层找找看，和sln同一目录下有没有一个叫debug的文件夹?如果你都看过而且没有的话我也很无语的，毕竟你都调试了，没有可执行文件又怎么可能调试呢。。
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场,试了一些软件,topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊,不像Gromos力场,prodrg好强大,直接把itp,gro等等都生成出来了,兼容性也大。但是,我还是想跑oplsaa力场,oplsaa力场跑出来的更加精细,请求大侠帮助啊??能给个...
重复单元内的原子不太多的话，可以自己写一个n2t文件放到opls力场文件里，然后试试用x2top生成重复单元...
算不得这么大体系的CM5电荷呗，换成MMFF94电荷或者CM1A-LBCC 换成MMFF94确实能算出来，但整体电荷为...
我采用以上力场进行模拟，但是运行到MD最后一步时终止了，而且还出现了Fatal error:Too many LINCS ...