每个nf-core 流程都会附带有docker,singularity和conda的配置文件。使用这些文件就可以指导流程运行相关软件。 共享配置 如果使用其他人共享的系统,最好去使用https://github.com/nf-core/configs的配置文件。这些是nf-core运行时所加载的配置。 您可能会发现您的系统已经有一个共享的配置文件(请参阅https://github.c...
nextflow run hello-world# nf-core 安装, 我使用的是python3.8,nf-core版本为2.14.1pip install nf-core 安装流程 下载对应的rnaseq流程 # 下载流程git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git 下载本地化镜像,并将设置镜像地址 # 在相同目录下,需在联网环境下 nf-core download --outdir singularit...
使用Nextflow编写的流程具有极好的可移植性,这使得它们非常适合共享。于是,NF-core应运而生。NF-core是利用Nextflow开发的生物流程共享中心,汇聚了众多优秀生物信息分析流程。目前,已经有81个涵盖多个生物信息领域的优秀流程,其中最经典的莫过于RNAseq。📊每个流程都配备了详细的介绍,包括简介、文档、结果展示以及选项参...
此篇教学文档,主要针对于需要在服务器上(特别是计算节点)运行nf-core/rnaseq流程的人,也就是官方流程中所述的Running Offline(离线运行)。 官方的安装方法文档:https://nf-co.re/usage/installation 离线运行所需的准备事项:https://nf-co.re/usage/offline 在服务器的登录节点上(或者是你的个人电脑),我们需要...
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。 一、环境搭建 首先,先进行环境搭建工作,这是必修课和基础,没有环境,什么也做不了。理解下来,nf-core可以使用三种方式进...
nf-core/opsmain 14 Branches0 Tags Code Folders and files Latest commit renovate[bot] chore(deps): update aws-actions/configure-aws-credentials action to v4 ( 3dbd80e· Feb 13, 2025 History183 Commits .github chore(deps): update aws-actions/configure-aws-credentials action to v4 ( Feb 13...
@nf_core@mstdn.science company/nf-core core@nf-co.re README.md Welcome to@nf-core! @nf-coreis a community effort to collect a curated set of analysis pipelines built using Nextflow (@nextflow-io). Here's how to get started:
【nextflow】本地安装nf-core/rnaseq 参考博文:https://zhuanlan.zhihu.com/p/428316843 转载请注明出处 1. 下载安装包: nextflow可以通过bioconda安装,所以这次我们只需要下载nf-core/rnaseq的安装包即可: 1 2 3 4 mamba create -n nextflow nextflow nf-core...
nf-core/quantms is a bioinformatics best-practice analysis pipeline for Quantitative Mass Spectrometry (MS). Currently, the workflow supports three major MS-based analytical methods: Data-dependant acquisition (DDA), either (i) label-free or (ii) isobarically labelled quantitation (e.g. TMT, iTR...
Running the Parabricks modules on nf-core Clicking on any module will take you to the homepage for that module. This page shows the nf-core CLI command to install this module as well as information about the expected inputs and outputs. ...