每个nf-core 流程都会附带有docker,singularity和conda的配置文件。使用这些文件就可以指导流程运行相关软件。 共享配置 如果使用其他人共享的系统,最好去使用https://github.com/nf-core/configs的配置文件。这些是nf-core运行时所加载的配置。 您可能会发现您的系统已经有一个共享的配置文件(请参阅https://github.c...
我们这里测试一下nf-core里面的RNAseq的流程吧,参考github:https://github.com/nf-core/rnaseq/(PS : 因为是GitHub上面的东西,同样的考验在中国大陆的网速) nextflow run nf-core/rnaseq 需要说明的是,该工具会自己 下载GitHub里面的nf-core/rnaseq资料,然后走一些他们预设好的分析步骤: [- ] process > get...
nextflow run hello-world# nf-core 安装, 我使用的是python3.8,nf-core版本为2.14.1pip install nf-core 安装流程 下载对应的rnaseq流程 # 下载流程git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git 下载本地化镜像,并将设置镜像地址 # 在相同目录下,需在联网环境下 nf-core download --outdirsingularity...
@nf_core@mstdn.science company/nf-core core@nf-co.re Overview Repositories158 Projects31 Packages People121 More README.md Welcome to@nf-core! @nf-coreis a community effort to collect a curated set of analysis pipelines built using Nextflow (@nextflow-io). ...
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。 一、环境搭建 首先,先进行环境搭建工作,这是必修课和基础,没有环境,什么也做不了。理解下来,nf-core可以使用三种方式进...
nextflow run nf-core/eager -profile <docker/singularity/podman/conda/institute> --input '*_R{1,2}.fastq.gz' --fasta '<your_reference>.fasta' Once your run has completed successfully, clean up the intermediate files. nextflow clean -f -k See usage docs for all of the available options ...
方法:Sage B ionetworks 正 在利用 nextflow‑core (nf‑core) 社区提供的各种 Nextflow 数据处理工作流程,并对其进行定制,以重新处理 N TAP 资助的研究项目发布的基因组数据。此外,我们将继续评估与罕见病数据相关的其他计算工具,并根据...
4、实感框芯(Solid Feel Core):通过在拍框空洞结构内部加注实感填充物,阻断击球时冲击造成的有害震动。(所有日本制造的球拍都有此功能) 5、流体形盒式拍框(Aero Boxl Frame):同时实用流体形拍框及盒式形拍框截面设计两种特性,兼具挥拍速度快与扎实的效果。
美国当地时间3月19日,浪潮在2019 GPU技术大会(GTC2019)上发布AI服务器NF5488M5,在业界首次实现了4U空间内集成8颗通过高速NVSwitch无阻塞全互联的最新一代NVIDIA Tesla V100 Tensor Core 32GB GPUs,高扩展、高性能、高能效,可灵活部署,AI计算性能可达每秒一千万亿次,适用于图像视频、语音识别、金融分析、智能客服等典...
3、实感框芯(Solid Feel Core):通过在拍框空洞结构内部加注实感填充物,阻断击球时冲击造成的有害震动。(所有日本制造的球拍都有此功能) 4、流体形盒式拍框(Aero Boxl Frame):同时实用流体形拍框及盒式形拍框截面设计两种特性,兼具挥拍速度快与扎实的效果。