# 可以创建创建新环境,单独存放 nextflow 程序 conda create -n nf-core -y conda activate nf-core # 然后安装 nextflow conda install -y nextflow 假如需要更新,就运行nextflow self-update或conda update nextflow 本地运行nextflow 我们这里测试一下nf-core里面的RNAseq的流程吧,参考github:https://github.com...
3. 鉴于我们在计算节点上不能联网,我们要从https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases 这个网址里选择一个Version,然后选择带有-all后缀的文件下载。 (这里就是下载一个nextflow的离线版本) 也就是图中的nextflow-21.04.3-all 安装的话很简单(也就是不用安装) ./nextflow-21.04.3-all # 就相当于执行n...
1. 下载安装包: nextflow可以通过bioconda安装,所以这次我们只需要下载nf-core/rnaseq的安装包即可: 1 2 3 4 mamba create -n nextflow nextflow nf-core conda activate nextflow nf-core download nf-core/rnaseq tar-zxvf nf-core-rnaseq-3.4.tar.gz 此时我们可以通过nextflow运行这个安装包: 1 2 3 4 5...
分析工作目录:nextflow.config 在命令中指定路径:-c path/to/config(可指定多个) 配置参数会依次加载并覆盖先前的值。 配置加载顺序是: 硬编码流程的默认设置 >> 用户家目录 >> 工作目录 >> 命令-c顺序执行 >> 命令--parameter指定参数 更多参数:https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html...
Nextflow是一种生物信息学工作流程管理器,它能够开发出可移植和可重复的工作流程。虽然最初主要用于生物信息学,但它的应用范围正在不断扩展。Nextflow类似于一种新的编程语言,学习起来可能会有些挑战。📚使用Nextflow编写的流程具有极好的可移植性,这使得它们非常适合共享。于是,NF-core应运而生。NF-core是利用...
首先需要安装nextflow 装方法参考这个链接:https://nf-co.re/usage/installation 首先需要检查java版本,大于 8 代码语言:javascript 复制 # Make sure that Java v8+is installed:java-version openjdk version"1.8.0_242"OpenJDK RuntimeEnvironment(build1.8.0_242-8u242-b08-0ubuntu3~18.04-b08)OpenJDK64-Bit...
conda install -y nextflow 假如需要更新,就运行nextflow self-update或conda update nextflow 本地运行nextflow 我们这里测试一下nf-core里面的RNAseq的流程吧,参考github:https://github.com/nf-core/rnaseq/ (PS : 因为是GitHub上面的东西,同样的考验在中国大陆的网速) nextflow run nf-core/rnaseq 需要说明的...
首先需要安装nextflow 装方法参考这个链接:https://nf-co.re/usage/installation 首先需要检查 java 版本,大于 8 # Make sure that Java v8+ is installed:java -version openjdk version"1.8.0_242"OpenJDK Runtime Environment (build1.8.0_242-8u242-b08-0ubuntu3~18.04-b08) ...
一个shell脚本串流程 BGI大公司的做法:拆分、标准化、API化 为什么写pipeline很耗时间? 安装工具 搭建流程 流程测试 修复bug https://www.nextflow.io/ 作为researcher,pipeline这种东西,看懂别人的就行,真没必要耗费大部分精力去自己搭建和完善,除非你是真的想转行做技工了。
运行该流程,nextflow run <directory> https://nf-co.re/tools#downloading-pipelines-for-offline-use 使用iGenomes 参考基因组 一些流程需要参考基因组和 AWS-iGenomes 的集成。这里需要下载这些相关的离线资源。 Illumina iGenomes ...