nextflow run nf-core/rnaseq \ --input samplesheet.csv \ --genome GRCh37 \ -profile <docker/singularity/podman/conda/institute> 真正可运行的脚本,需要设置以下多种参数 # 首先我们切换到输出目录 cd /public/home/rnaseq # 这个 alias 命令很重要,因为官方的 pipeline 里找不到 hisat2_extract_splice...
最后运行流程测试: export NXF_SINGULARITY_CACHEDIR="singularity_db_pipe/rnaseq" nextflow run nf-core-rnaseq_3.18.0/3_18_0 -profile singularity -c test.config --input samplesheet_test.csv --outdir test_scrnaseq 测试数据跑半个小时左右完成,可以根据跑完的结果目录,学习下流程具体的步骤。
tar-zxvf nf-core-rnaseq-3.4.tar.gz 此时我们可以通过nextflow运行这个安装包: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nextflow run nf-core-rnaseq-3.6/workflow/\# 格式就是nextflow run <下载好的nf-core-rnaseq文件夹下workflow文件夹的目录> --input samplesheet.csv \# 就是上一步我们用python脚本生成...
nextflow run nf-core/rnaseq \ -profile docker \ --genome GRCh37 \ --reads "data/*_{R1,R2}.fastq.gz" # 安装nf-core pip install nf-core # 查看nf-core已有流程或者最新可用版本 nf-core list # 命令 nf-core list :列出可用pipeline nf-core launch :交互式运行一个pipeline nf-core download...
我们这里测试一下nf-core里面的RNAseq的流程吧,参考github:https://github.com/nf-core/rnaseq/(PS : 因为是GitHub上面的东西,同样的考验在中国大陆的网速) nextflow run nf-core/rnaseq 需要说明的是,该工具会自己 下载GitHub里面的nf-core/rnaseq资料,然后走一些他们预设好的分析步骤: ...
nextflow run nf-core/rnaseq--reads'path/to/data/sample_*_{1,2}.fastq'--genome GRCh38-profile conda 需要注意的是,fq 文件的路径需要加上一对 引号 ,同一样本的 fq1 和 fq2 用 * 来匹配,fq 文件支持 gz 压缩格式。避免重复调用conda创建环境以及安装软件,保证每个流程在同一个目录下运行比较好。
nextflow run nf-core/rnaseq --reads'path/to/data/sample_*_{1,2}.fastq'--genome GRCh38 -profile conda 需要注意的是,fq 文件的路径需要加上一对 引号 ,同一样本的 fq1 和 fq2 用 * 来匹配,fq 文件支持 gz 压缩格式。避免重复调用conda创建环境以及安装软件,保证每个流程在同一个目录下运行比较好...
发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便探索一下中间的坑。关于nf-core，这篇推文已经介绍的够多了，...
我一直在使用nf-core的rnaseq流水线来指导我:https://github.com/nf-core/rnaseq 如果有帮助,下面是我正在尝试自动化的管道:https://bioinformatics.uconn.edu/resources-and-events/tutorials-2/rna-seq-tutorial-with-reference-genome/# 我的电脑使用的是Windows10操作系统,并且我已经启用了WSL2并安装了Ubuntu。
nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.17.0 -profile test,mamba --outdir dir N E X T F L O W ~ version 24.10.0 Launching `https://github.com/nf-core/rnaseq` [clever_venter] DSL2 - revision: 00f924cf92 [3.17.0] // [...] ...