Discover the broad range of experiments you can perform with next-generation sequencing, and find out how Illumina NGS works.
GSNAP旨在对双端和不双端的Illumina-Solexa或Sanger标准数据执行基于参考的比对。序列的长度对于GSNAP来说不是问题，因为它能够轻松对齐很短到任意长的数据长度。GSNAP现在可以处理Multiplex ID (MID) 数据，从而进一步很大限度地提高效率。现在您拥有了Sequencher的用户友好界面，它允许您通过MID数据利用 GSNAP 的功能。Seq...
几十年来,DNA甲基化一直被认为在基因表达中发挥着重要作用。当DNA用亚硫酸氢盐处理时,任意胞嘧啶都会转化为尿嘧啶,除非胞嘧啶已被甲基化。GSNAP将从亚硫酸氢盐处理的DNA测序中获取的下一代测序读数与参考序列进行比对,其比对方式不会掩盖真正的错配,但仍会暴露用亚硫酸氢盐处理未甲基化DNA时发生的C到T错配。 R...
Next Generation Sequencing is a technology in which nucleotides are added in parallel to the copying of a DNA strand. When nucleotides are incorporated into the growing DNA strand, a signal is generated that corresponds to the nucleotide type and positio
开始设计用于对齐 Illumina-Solexa 数据,它将对齐任意很短的读取数据(63个碱基或更少)。参考序列可以是FastA或GenBank文件的形式。Maq使用二进制格式来压缩引用并读取文件。关键的是,Maq运行所需的RAM很少,这使得执行下一代测序变得更加容易。它也适用于大约200万次读取的小型项目,尽管可以将较大的项目分解然后稍后...
- Illumina (Solexa) sequencing - Roche 454 sequencing - Ion torrent: Proton / PGM sequencing - SOLiD sequencing 2.原理 此处主要介绍Illumina 平台的工作原理。 从本质上而言,二代测序(NGS)和Sanger测序相同,都是在每一个测序周期中,利用计算机检测DNA聚合酶催化荧光标记的dNTP结合到DNA模板时产生的荧光信号。
Illumina (Solexa) sequencing: 其工作原理基于大规模并行检测荧光标记的dNTP与DNA模板结合产生的信号，相较于Sanger测序，NGS能同时处理大量样本，显著提高效率。Roche 454 sequencing: 另一个高效平台，通过不同的测序策略提供高效数据生成。Ion torrent: Proton / PGM sequencing 和 SOLiD sequencing：这两...
- Roche 454 sequencing - Ion torrent: Proton / PGM sequencing - SOLiD sequencing 2.原理 此处主要介绍Illumina 平台的工作原理。 从本质上而言,二代测序(NGS)和Sanger测序相同,都是在每一个测序周期中,利用计算机检测DNA聚合酶催化荧光标记的dNTP结合到DNA模板时产生的荧光信号。但与Sanger单位时间检测单片段不...
此处主要介绍Illumina 平台的工作原理。 从本质上而言,二代测序(NGS)和Sanger测序相同,都是在每一个测序周期中,利用计算机检测DNA聚合酶催化荧光标记的dNTP结合到DNA模板时产生的荧光信号。但与Sanger单位时间检测单片段不同的是,NGS能同时检测成千上万的孔道的信号,因此大大提高了效率。
Next-generation sequencing generates masses of DNA sequencing data, and is both less expensive and less time-consuming than traditional Sanger sequencing.2Illumina sequencing systems can deliver data output ranging from 300 kilobases up to multiple terabases in a single run, depending on instrument typ...