为评估NERD-seq的潜力,研究团队利用从小鼠海马体提取的总RNA,对NERD-seq和标准直接RNA-seq测序结果进行了比较(图2)。结果显示,与标准直接RNA-seq方法相比,NERD-seq能够有效富集较短的非poly(A)RNA,可提供更多的信息,证明了该方法在神经组织RNA测序中的应用潜力。 研究团队通过NERD-seq技术对基因组元件进行了测序re...
LncRNA主要是RNA聚合酶II转录的副产物，最早被认为基因组转录中的“噪音”片段，因此被认为不具有生物学功能。然而近年研究中发现，LncRNA是真核生物生命活动的重要组成部分[1]。LncRNA在1991年首次被证实参与X染色体沉默，随后被证实具有染色质修饰、转录调控、ceRNA调控等多种调控过程，LncRNA的调控作用也开始成为近年...
非编码RNA(ncRNA)和蛋白质编码基因(PCG)的转录调控在许多生物过程中起重要作用,ChIP-seq实验常用于检测验证基因和转录调节因子之间的互相作用。ChIPBase数据库包含人类、小鼠、蠕虫、果蝇和拟南芥共5个物种的基因信息,收录了约5万个ChIP-seq数据集,并通过整合约8万个RNA-seq数据提供了正常和癌症组织中ncRNA及其转录调节...
非编码RNA(ncRNA)和蛋白质编码基因(PCG)的转录调控在许多生物过程中起重要作用,ChIP-seq实验常用于检测验证基因和转录调节因子之间的互相作用。ChIPBase数据库包含人类、小鼠、蠕虫、果蝇和拟南芥共5个物种的基因信息,收录了约5万个ChIP-seq数据集,并通过整合约8万个RNA-seq数据提供了正常和癌症组织中ncRNA及其转录调节...
最后,诺禾致源 RNA 研究部专注于利用二代 RNA-seq 技术研究各类 ncRNA 分子,除了主力产品 lncRNA、small RNA与circRNA 外,针对人类医学领域我们近期还研发了 eRNA 与 tsRNA 产品。真诚地邀请各位对 ncRNA 研究感兴趣的小伙伴积极联系我们的客户经理,希望我们的产品可以为您的科研...
非编码RNA(ncRNA)和蛋白质编码基因(PCG)的转录调控在许多生物过程中起重要作用,ChIP-seq实验常用于检测验证基因和转录调节因子之间的互相作用。ChIPBase数据库包含人类、小鼠、蠕虫、果蝇和拟南芥共5个物种的基因信息,收录了约5万个ChIP-seq数据集,并通过整合约8万个RNA-seq数据提供了正常和癌症组织中ncRNA及其转录调节...
图6. NERD-seq可检测7SK RNA中的RNA修饰 综上所述,研究团队提出了一种名为NERD-seq的非编码RNA直接测序方法,该方法改进了标准的直接RNA测序文库技术,能够同时富集和捕获多种类型的ncRNA和mRNA。通过量化重要ncRNA类型的相对富集,研究团队证明了NERD-seq的效用,并评估了snRNA的表观转录组标记。总的来说,NERD...
通过CircRNA-seq共鉴定到139,090个circRNA,用circBase注释到21,535个circRNA。通过差异分析,共得到2,289个差异circRNA(DEcRs)。通过Ribo-seq共鉴定到1,879个可能存在编码的circRNA,1,109个在circBase中有注释,有4个是已经有文章论述过。 为了排除偏倚的情况,作者用qPCR对患者来源的神经胶质瘤干细胞(GSCs)、神经干...
第一步:clade选择类群;Organism可以选择对应的模式物种;Assembly选择该物种对应的基因组;Factor type选转录因子/组蛋白修饰;Protein factor/modifications选择目标转录因子或目标组蛋白修饰(只能选择已有ChIP-seq实验数据)。 第二步:选择ChIP-seq实验及细胞系(在有限的范围中进行选择)。
1.LncRNA靶点筛选LncRNA靶点筛选需要先通过生物信息学分析、RNA-seq以及芯片技术等对疾病模型/病例样本进行LncRNA表达谱分析,用来发现和筛选差异性表达的LncRNA,并在疾病模型组织中进行验证确认。由于LncRNA核定位概率较高,因此功能研究前建议确认LncRNA的亚细胞定位。