ncbi-genome-download能够批量下载NCBI的基因组相关数据,数据源自refseq数据库和genbank数据库,提供了多种文件格式和特定内容的下载。利用ncbi-genome-download能够避免从NCBI网页上查找下载的繁琐操作,在特定场景下使用可以高效获取数据,方便快捷。 一、下载 下载方法参考:github.com/kblin/ncbi-g 二、基本介绍 查看版本...
$ ncbi-genome-download --section refseq --genera"Actinidia chinensis"--parallel4--formats fasta,gff,protein-fasta plant ERROR: No downloads matched your filter. Please check your options. 下面选择genbank下载 植物的gbff格式,基本没用。 $ ncbi-genome-download --section genbank --genera"Actinidia ...
最新版本基于python3开发，ncbi-genome-download 0.2.12为最后一个支持python2的版本。通过pip或conda安装。github文档提供示例，本文补充未提及的示例。使用--strains选项下载特定菌株，如丁香假单胞杆菌番茄致病变种DC3000（Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000）。使用--assembly-accessions下载特定...
NCBI蛋白质基因组下载 genome搜索界面 直接搜索物种或者类群的genome,可进入如上页面。点击genome,进入下面页面。 可选中 Download,下载包含assembly-accessions的table。 打开linux终端,安装ncbi-genome-download,并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accession...
ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件,支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda安装即可 conda install-c bioconda ncbi-genome-download 3. 重要参数说明 -s:选择数据库(genbank,refseq),默认是refseq数据库 -F:需要下载基因组的格式,可以多种格式同时下载,用逗号隔开,默认是genbank格式 ...
ncbi_genome_download config: Update the NCBI URL Jul 3, 2024 tests chore: Also fix the NCBI URL in the tests Jul 3, 2024 .coveragerc tests: Make it easier to call tests May 5, 2016 .gitignore chore: ignore more files Aug 6, 2024 .mailmap chore: Update mailmap Dec 1, 2021 CITATION...
ncbi-genome-download --section genbank fungi 要从RefSeq下载所有FASTA格式的病毒基因组,请运行: ncbi-genome-download --formats fasta viral 可以通过提供格式列表或仅下载所有格式来下载多种格式: ncbi-genome-download --formats fasta,assembly-report viral ncbi-genome-download --formats all viral ...
Download data from NCBI databases
[ncbi-acc-download_0.2.8-1.dsc] [ncbi-acc-download_0.2.8.orig.tar.gz] [ncbi-acc-download_0.2.8-1.debian.tar.xz] Geliştirici: Ubuntu MOTU Developers (Posta Arşivi) Please consider filing a bug or asking a question via Launchpad before contacting the maintainer directly. Original ...
Select language Download Expand all | Collapse all Details Version: V 1.1 Date Published: 5/12/2016 File Name: NCBI Blast on Windows Azure_V1.1.zip File Size: 62.5 MB A parallel BLAST engine that runs on the Windows Azure cloud fabric, NCBI BLAST on Windows Azure can scale up to hundred...