SRA(Sequence Read Archive,之前称为Short Read Archive)是一个生物信息学数据库,为DNA测序数据提供公共储存库,特别是通过高通量测序生成的"short reads"(通常是小于1000碱基对长度的序列)。 今天给大家介绍SRA数据上传流程,该方法不但无需单独申请biosample和bioproject,而且再也不用担心没有服务器、上传慢的情况发生...
Sequence Read Archive(SRA,以前称为 Short Read Archive)是一个生物信息学数据库,为 DNA 测序数据提供公共存储库,多是高通量测序产生的“短读长”,通常少于 1,000 个碱基对在长度上。该数据库是国际核苷酸序列数据库合作组织(INSDC)的一部分,由 NCBI、欧洲生物信息学研究所 (EBI) 和日本 DNA 数据库 (DDBJ)...
Trace Archives数据库储存了由凝胶/毛细血管测序平台(例如Applied Biosystems ABI 3730)测序(一代测序)获得的序列数据。 6.1.3 Short Read Archive Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、AppliedBiosystem...
Sequence Read Archive(SRA,以前称为 Short Read Archive)是一个生物信息学数据库,为 DNA 测序数据提供公共存储库,多是高通量测序产生的“短读长”,通常少于 1,000 个碱基对在长度上。该数据库是国际核苷酸序列数据库合作组织(INSDC)的一部分,由 NCBI、欧洲生物信息学研究所 (EBI) 和日本 DNA 数据库 (DDBJ) ...
Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、AppliedBiosystems SOLiD System platforms)测序产生的基因组、转录组等原始测序数据信息。SRA的出现为大家进行数据挖掘提供了更多的机会。 6.2 分析工具及资源 6.2.1 Map Viewer NCBI的Map Viewer显示了基因组集...
Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、Applied Biosystems SOLiD System platforms)测序产生的基因序列信息。从2007年开始,SRA已经迅速累积到了1.3 Tbp,共180亿条小片段,约占人类基因组序列总长度的85%。SRA的出现为大家进行数据挖掘提供了更多的机会...
Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、Applied Biosystems SOLiD System platforms)测序产生的基因序列信息。从2007年开始,SRA已经迅速累积到了1.3 Tbp,共180亿条小片段,约占人类基因组序列总长度的85%。SRA的出现为大家进行数据挖掘提供了更多的机会...
Accession numbers for NCBI Short Read ArchiveCox, Robert MCox, Christian LMcGlothlin, Joel WCard, Daren CAndrew, Audra LCastoe, Todd A
NCBITraceArchive 29、sTraceArchives数据库储存了由凝胶/毛细血管测序平台(例如AppliedBiosystemsABI3730)测序获得的序列数据。至今,TraceArchives数据库包含有4500个品种的共计超过19亿(12%为人类数据)的序列数据。ShortReadArchiveShortReadArchive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、IlluminaGenome...
Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、Applied Biosystems SOLiD System platforms)测序产生的基因序列信息。从2007年开始,SRA已经迅速累积到了1.3 Tbp,共180亿条小片段,约占人类基因组序列总长度的85%。SRA的出现为大家进行数据挖掘提供了更多的机会...