点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。 比对之后,就可以查看比对结果了。这里小编以小鼠为例,为大家简单介绍一下比对结果。提交BLAST...
BLAST工具二:Primer-BLAST 对于Standard database的介绍就到这里,NCBI中还有一类特殊比对工具,这里主要介绍Primer-BLAST比对工具中的各Database的区别。 1、 nr(Nucleotide collection) Database描述:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。
Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法的参数,如下图所示:可以设置BLAST搜索的数据库返回的最...
Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法...
Basic Local Alignment Search Tool(BLAST) 该快速入门辅导将为您展示以最少的步骤来生成您需要的BLAST结果。如果您没有运行过BLAST搜索系统或者在短时间内没有进入过搜索页面,这将是个很好的开始。 1. 选择BLAST程序 首页有多个可供选择的BLAST搜索类型: Nucleotide BLAST是指在核苷酸数据库中搜索相似的核苷酸序列;...
BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool,是一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST的目的是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列片段。 进入BLAST主页后,点击页面左侧的“Nucleotide BLAST”,进行下一步比对操作。 进入页面后,在左上角的输入框内输入要比对...
在这里小编以Nucleotide BLAST的操作为例,演示一下如何进行序列比对。点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。
您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...
BLAST可用于将待测样本的序列与已知的相关基因序列进行比对,从而判断待测样本中是否存在该基因。 4. SNP鉴定 BLAST还可用于鉴定及分析SNP(Single Nucleotide Polymorphism)变异。通过比对待测样本与已知序列,可以发现并分析其中的SNP位点,从而为个体差异研究提供基础数据。 总结: NCBI在线BLAST是一款功能强大的生物信息学...
3.点击工具栏目(Tool) 4.在工具栏目里找到Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 点击进入。 5.在Basic BLAST下,找到nucleotide blast(Search anucleotidedatabase using anucleotidequery),点击进入。 6.将DNA序列复制、粘贴到EnterQuery Sequence下面的方框中。 7.在Choose Search Set栏目下,选择others数据库 ...