上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
在这里小编以Nucleotide BLAST的操作为例,演示一下如何进行序列比对。点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。 比对之后,就可以查看比对...
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,...
BLAST工具二:Primer-BLAST 对于Standard database的介绍就到这里,NCBI中还有一类特殊比对工具,这里主要介绍Primer-BLAST比对工具中的各Database的区别。 1、 nr(Nucleotide collection) Database描述:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
Nucleotide BLAST Blastn可以用来进行核酸搜索和序列比对,序列包括从tRNA, rRNA, 到mRNA和基因组DNA。Blastn可以从以下三种算法选择: MegaBLAST是最新开发的,速度最快的一种针对核酸的BLAST算法,是blastn的10倍速度。MegaBLAST的优点是使用贪婪算法,能够快速处理大量的数据。不过,MegaBLAST一般运用于比对及其相似的,一般只...
Nucleotide BLAST Blastn可以用来进行核酸搜索和序列比对,序列包括从tRNA, rRNA, 到mRNA和基因组DNA。Blastn可以从以下三种算法选择: MegaBLAST是最新开发的,速度最快的一种针对核酸的BLAST算法,是blastn的10倍速度。MegaBLAST的优点是使用贪婪算法,能够快速处理大量...
BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool,是一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST的目的是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列片段。 进入BLAST主页后,点击页面左侧的“Nucleotide BLAST”,进行下一步比对操作。 进入页面后,在左上角的输入框内输入要比对...
首先，我们来了解一下Nucleotide BLAST。Nucleotide BLAST是一款用于核苷酸与核苷酸比对的工具。在进行比对时，您需要从“Standard database”中选择一个具体数据库进行操作。各个数据库包含的序列信息有所不同，因此选择合适的数据库至关重要。1. Nucleotide collection（nr/nt）：包含GenBank、EMBL、DDBJ、PDB...
NCBI中Blast种类简介 1. Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2.Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索,包括3个程序 2.1.1 Blastn---核酸序列(n)到核酸序列数据库中搜索,是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast---该程序使用“模糊算法”加快了比较速...