这可能导致下载过程中断或无法正常连接到NCBI服务器。尝试在其他网络环境下进行下载,或者与网络管理员联系以了解是否存在下载限制或防火墙规则。 3、下载服务器负载 由于nr数据库的巨大规模,NCBI的下载服务器可能面临大量的下载请求和负载。当服务器负载过高时,可能会限制下载速度或中断下载,以确保服务器的正常运行和服务...
这可能导致下载过程中断或无法正常连接到NCBI服务器。尝试在其他网络环境下进行下载,或者与网络管理员联系以了解是否存在下载限制或防火墙规则。 3、下载服务器负载 由于nr数据库的巨大规模,NCBI的下载服务器可能面临大量的下载请求和负载。当服务器负载过高时,可能会限制下载速度或中断下载,以确保服务器的正常运行和...
网络连接不稳定：学校的网络可能存在不稳定的情况，导致下载过程中断。您可以尝试使用其他网络环境，例如家...
ascp快速下载NCBI各种数据库种的数据 NR NT 数据库: #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2...
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...
一、直接下载nr blast库 ncbi ftp:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ wget-c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz 因为是拆分好的,下载速度还可以,完全依赖网速。 ascp也许更快吧:NR数据库简介 二、blastp nr 注释 blastp \-db/home/cheng/Databases/NCBI_nr/nr \-query Result/prokka/...
所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera,该软件是由IBM开发,能够最大程度利用宽带速度,下载NR和NT数据库的时候速度能飚到400Mb/s,下载基因组的时候能飚到20Mb/s。 下载安装 下载链接 ascp 官方说明:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/ 选择自己需要的版本,这里选择...
因为nr库很大啊，一定要断点续传，Windows下最好用ftp客户端下载，linux下wget -c -t 0 ...
NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(如下图所示),将所有的子数据库放到同一个目录下,解压缩后构建索引...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...