一、NCBI各类数据储存库 1、Sequence Read Archive (SRA):raw sequence data and alignment information from high throughput sequencing platforms including 454, illumina, SOLiD and PacBio. 此外, European Nucleotide Archive (ENA) 和 DNAnexus SRA 均有SRA数据。 2、Gene Expression Omnibus (GEO):RNA-Seq, ...
对于想要在命令行访问NCBI的人而言,NCBI也提供了Eutils工具,可以通过对应的API在命令行操作。biopython将Eutils工具进行了封装,通过Bio.Entrez子模块,可以在python环境中与NCBI进行交互。 1. EInfo 该方法用于查看数据库的基本信息,用法如下 >>> Entrez.email = "577198016@qq.com">>> handle = Entrez.einfo()>>...
国家生物信息中心参考序列数据库(RefSeq(NCBI Reference Sequence Database)),第三方标注序列数据库(TPA(Third Party Annotation Sequence))和蛋白质数据银行(PDB(Protein Data Bank)),基因组(genome),基因(gene)和转录本序列数据(transcript sequence data),为生物...
·实验研究和数据集(Experimental Studies & DataSets)包括基因表达综合库(符合微阵列实验最小信息(MIAME)格式)(Gene Expression Omnibus(GEO)),序列读档案(Sequence Read Archive(SRA)),基因型和表型数据库(dbGap(The Database of Genotypes and Phenotypes)),生化试验数据库(PubChem BioAssay) ·生物研究项目数据(Bi...
HIV-1/人类蛋白质相互作用数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases,所有这些资源...
5.1.1 Gene Gene数据库为用户提供基因序列注释和检索服务,还会链接到NCBI的Map Viewer、Evidence Viewer、ModelMaker、BLAST Link (Blink)、protein domains from the Conserved DomainDatabase(CDD)等数据库资源以及其它与基因相关的资源。Entrez Gene数据库收录了来自5300多个物种的430万条基因记录。而且,NCBI除了拥有自...
以上例子展示了在gene和clinvar两个数据库之间进行交叉查询的方式,根据基因ID获取对应的clinvar数据库中该基因上包含的突变位点的信息。 7. EGQuery 该方法用于统计检索项在各个数据库中检索到的条目,用法如下 >>>handle = Entrez.egquery(term="biopython") >>>record = Entrez.read(handle) >>>forrowinrecord...
以上例子展示了在gene和clinvar两个数据库之间进行交叉查询的方式,根据基因ID获取对应的clinvar数据库中该基因上包含的突变位点的信息。 7. EGQuery 该方法用于统计检索项在各个数据库中检索到的条目,用法如下 >>>handle = Entrez.egquery(term="biopython") ...
NCBI Datasets data packages NCBI Datasets provides sequence, annotation, metadata and other biological data asNCBI Datasets Data Package zip archives. We currently offer four types of data package: AnNCBI Datasets Gene Data Package AnNCBI Datasets Genome Data Package ...
(Gene Expression Omnibus(GEO)),序列读档案(Sequence Read Archive ( SRA )),基因型和表型数据库( dbGap ( The Database of Genotypes and Phenotypes )),生化试验数据库(PubChem BioAssay) · 生物研究项目数据(Biological Research Project Data)包括生 物数据集合(BioProject)和生化试验原材料数据库(BioSample)...