此外, European Nucleotide Archive (ENA) 和 DNAnexus SRA 均有SRA数据。 2、Gene Expression Omnibus (GEO):RNA-Seq, ChIP-seq, RIP-seq, HiC-seq, methyl-seq, expression data such as microarray, SAGE or mass spectrometry data sets. 3、Database of Short Genetic Variations (dbSNP):variation data,...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample...
1)填写基础信息 2)这里需要输入系统分配的的BioProject号 3)接下来的内容依次填写,都是一些基础的测序信息,需要递交的数据必须用英文命名,直到这一步才开始上传数据。由于国内网速不好,需要使用aspera工具递交 在windows或Linux系统下打开命令行,创建一个新目录,命名为submit,并将需要上传的数据拷贝到该目录下,输入 as...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample ...
简介:上传16s/RNAseq/chip_seq时遇到这个问题怎么办? 解决数据上传NCBI时的“multiple BioSamples cannot have identical attributes”错误! ERROR: Your table upload failed because multiple BioSamples cannot have identical attributes. You should have one BioSample for each specimen, and each of your BioSamp...
经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载:一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换 ...
to represent true biological replicates as separate BioSamples, you might add an 'aliquot' or 'replicate' attribute, e.g., 'replicate = biological replicate 1', as appropriate. Note that multiple assay types, e.g., RNA-seq and ChIP-seq data may reference the same BioSample if appropriate...
CRN(Cancer RNA-Seq Nexus):http://syslab4.nchu.edu.tw/ CRN有一个用户友好的网页界面,旨在促进癌症研究和个性化医疗。它是一个直观的数据探索的开放资源,提供编码-转录本/lncRNA表达谱,支持研究人员在癌症研究和个性化医学中产生新的假设。 03 肿瘤基因组数据库 ...
微阵列数据:这是GEO数据库中最早收集的数据类型,主要用于测量基因表达水平。微阵列数据格式为CEL文件或TXT文件,包含了探针信号强度信息。 二代测序(NGS)数据:随着二代测序技术的发展,GEO数据库中也收录了大量的NGS数据,如RNA-Seq、ChIP-Seq等。这些数据格式为FASTQ文件或BAM文件,包含了测序读段信息。