使用MACS获得Chip-seq富集区 使用IGV工具可视化 使用ROSE筛选super-enhancer 下载Chip-seq原始数据 文献中提到,其原始数据上传在NCBI的GEO Dataset数据库中,编号GSE76861,在NCBI数据库中搜索到结果 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76861 在Samples栏目下,可以看到其上传的所有数据(点击More...
数据都在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42466 所以用脚本在ftp里面批量下载即可: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP017/SRP017311 下载地址很容易获取啦! for ((i=204;i<=209;i++)) ;do wgetftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih...
1. jimmy大神早前的帖子里用了ChIP-seq实战 和视频里不一样。 2.从GEO下载数据 可以详见手把手教你如何从GEO下载数据。 方法一:从网页下,需要在NCBI的GEO数据库中进入相应的GEO Series (GSE) study ID,如GSE42466。再选择要下载的样本GEO Sample (GSM) 样本ID,如GSM1041372 Ring1B_ChIPSeq。再点击RSA格式...
进入之后,我这里好像没有看到chipseq的数据: 随后,我换一个数据库,首先依然是进入生物医学之家,再进入转录因子结合位点预测网站Cistrome Data Browser: 这个数据库都是一些ChIP-seq的数据,但是好像都有些老了,都是好几年去年的ChIP-seq数据。我在GEO数据...
ChIP-seq实战分析 作者注 本次讲解选取的文章是为了探索PRC1,PCR2这样的蛋白复合物,不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq,请注意区别。 文章题目 RYBP and Cbx7 define specific biological functions of polycomb complexes in mouse embryonic stem cells https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23273917...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
(一)数据集选择 1、根据筛选标准(是否为RNA-seq数据、样本量、样本分类清晰程度、是否有sra原始数据),到GEO数据库中查找数据集。 数据ID:GSE111845 数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111845 样本介绍:Standard methods were used for RNA-sequencing library construction, EXBead...
大家可以看到RYBP这个CHIP-seq我几乎得不到peaks,哪怕是换了一个control,除非我不用任何control!我用IGV看了看,这个RYBP的确很诡异,我怀疑是作者上传数据出错了! 而且作者在GEO给的PEAKS个数如下: 2754 GSE42466_Cbx7_peaks_10.txt 6982 GSE42466_Ring1b_peaks_10.txt ...
这部分下载ChIP-Seq数据,以及小鼠的参考基因组,注释。 下载测序数据,并用sratoolkit解压缩 文章提供的GEO是GSE42466,可以在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/检索到对应的数据集 GEO # 我习惯将数据保存到项目文件夹下的data中mkdir -p GSE42466/data/chip-seq ...
1、同济大学生物学前沿课程期末作业 1 论论文写作文写作课课期末作期末作业业 综述题目:综述题目: ChIP-chip 与与 ChIP-seq 数据处理数据处理方法与分析平台方法与分析平台 姓名姓名: 孙翰菲孙翰菲 学号学号:11329951132995 同济大学生物学前沿课程期末作业 2 第一章第一章 生物学背景知识生物学背景知识 1.1 基因表...