1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。 然后选择CD-search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2.预测单条序列的保守结构域,点击CD-search进入: 粘贴基因的蛋白序列,或者是核酸序列都可以,注意为fasta序列,如果你知道基...
下图以 “DNA连接酶”为例,在对话框中输入 “DNA Ligase”,再点击最右边的Search。 5. 出现如下页面,找到“Search results”。红线指示的就是物种的名称 6. 仅仅搜索“DNA Ligase”会出现很多物种的DNA连接酶,我们在准备表达一个蛋白前,需要通过文献、专利或者竞品说明书确定具体物种的特定蛋白。 7. 比如通过...
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。 出现如下界面,黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列,Batch CD-Search可以上传多条序列。 2. 我们先以CD-Search为例,预测单条序列的结...
Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。 结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 结构域注释: 工具提供有关查询序列中结构域的信息,包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相...
1.2万 1 07:03 App NCBI CD-Search批量鉴定保守结构域并利用TBtools进行可视化 4298 0 10:44 App qPCR 引物设计,可以很简单 浏览方式(推荐使用) 哔哩哔哩 你感兴趣的视频都在B站 打开信息网络传播视听节目许可证:0910417 网络文化经营许可证 沪网文【2019】3804-274号 广播电视节目制作经营许可证:(沪)字第01...
cd /ifs1/Software/biosoft wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz tar -zxvf edirect.tar.gz 案例:下载序列 #esearch搜索sra数据库中的项目PRJNA257197 esearch -db sra -query PRJNA257197 #利用efetch从核酸数据库下载Accession Number号为NC_000962.3的序列,保存为gbk格式...
ncbi CD search结果解读由于基础知识薄弱,利用NCBI中的conserved domain search 工具分析一蛋白序列结果后,对显示的结果看不大明白。向各位求教,谢谢! 图中specific hits中为什么右边是锯齿形状呢,还有这图形颜色有什么含义吗?有锯齿是说明我的序列不完整嘛?如图一 有的结果在non-specific hits中也有匹配到的结果,这应...
看到cd-search可以批量预测AA序列的保守结构域，但似乎不能批量预测DNA序列的保守结构域，请问有没有人...
开放阅读框寻觅器(ORFFinder),电子PCR,和序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。NCBI网站上还提供了一些诸如研究热点问题、研究小组情况、教育培训、联系方式等信息,还提供了到NIH、NLM等的链接。
点击上图中的CD-Search,输入蛋白质/核酸查询序列,可以是FASTA格式的序列数据,或者输入GI或Accession号,同时在右方OPTIONS中选择要搜索的数据库,Expect Value等,或者使用默认设置,然后按“提交”按钮。 3. 一分钟后,运行结果产生,见下图。搜索结果将显示在默认条件下使用简要显示模式(图中右上方View可以下拉选择其他模...