1. Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。 2. 结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 3. 结构域注释: 工具提供有关查询序列中结构域的信息,包括结构域的名称、位置以及与数据库中...
结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 结构域注释: 工具提供有关查询序列中结构域的信息,包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。 多模式搜索: CD-Search支持多模式搜索,用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。 结果解释: 结果以图形...
CD(Conserved Domain)是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。 CD-Search 的主要功能包括: Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。 结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 结构域注...
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。 出现如下界面,黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列,Batch CD-Search可以上传多条序列。 2. 我们先以CD-Search为例,预测单条序列的结...
1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。 然后选择CD-search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2.预测单条序列的保守结构域,点击CD-search进入: 粘贴基因的蛋白序列,或者是核酸序列都可以,注意为fasta序列,如果你知道基...
1.CDD⼊⼝：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/，该⼯具为NCBI提供的，NCBI主页选项⼝选择进⼊Conserved Domain然后点击Search。然后选择CD-search（单个基因），或者Batch CD-Search（多个基因）。attachments-2018-07-HXZXbUUl5b55498230963.jpg 2.预测单条序列的保守结构域，点击CD-search进⼊：粘贴基因...
CD-Search与Conserved Domain Database(CDD)集成，为用户提供了一站式解决方案，能够快速、准确地在蛋白质序列中识别保守结构域。该工具通过分析提交的序列数据，自动识别其中的保守结构域，并以易于理解和解释的形式呈现结果。CD-Search的功能主要包括：数据库搜索：使用CDD中的结构域数据库对输入的蛋白质...
在生信研究中，NCBI的CD（Conserved Domain）工具是挖掘蛋白质结构域信息的强大助手。这款工具设计简洁高效，能帮助研究者轻松揭示隐藏在蛋白质序列中的结构域秘密，从而深入理解蛋白质的功能和进化历程。结构域，作为蛋白质中的功能模块，是进化过程中保持相对稳定的区域。通过CD-Search对序列进行分析，研究者...
2. 我们先以CD-Search为例,预测单条序列的结构域。 点击上图中的CD-Search,输入蛋白质/核酸查询序列,可以是FASTA格式的序列数据,或者输入GI或Accession号,同时在右方OPTIONS中选择要搜索的数据库,Expect Value等,或者使用默认设置,然后按“提交”按钮。
5. 出现如下页面,找到“Search results”。红线指示的就是物种的名称 6. 仅仅搜索“DNA Ligase”会出现很多物种的DNA连接酶,我们在准备表达一个蛋白前,需要通过文献、专利或者竞品说明书确定具体物种的特定蛋白。 7. 比如通过前期查找文献、专利等资料确定需表达T4噬菌体来源的DNA ligase,那么可以在搜索框中输入“T4...