Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://sha...
BLASTP检索步骤1.1 输入查询序列，可自定义序列范围，默认全部。1.2 选择搜索数据库，一般选择nr/nt，可根据需要选择特定物种。1.3 筛选程序选择，如期望值、单词长度等参数进行设定。2. 算法参数： - 基本参数如最大显示条目、短查询序列影响期望值和范围长度。 - 得分参数包括矩阵选择（如BLO...
BLASTBLASTBasic Local Alignment Search ToolBasic Local Alignment Search ToolLushan Wang2010.11.24 阅读了该文档的用户还阅读了这些文档 34 p. 单片机课件--第六章汇编语言程序设计 6 p. 渭北黄土区刺槐根系空间分布特征研究 44 p. 新式差压流量计的性能试验与评价 3 p. 一个基于神经网络和遗传算法的...
Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸...
BLASTp(ProteinBLAST),也就是用蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库。 在BLASTp输入界面里(图1):1)输入待搜索的蛋白质序列,这条序列可以在示例文 件blast.fasta里面找到。2)指定搜索跟输入序列哪部分相似的序列,如果空着就是全长搜索。 3)给搜索任务起一个名字,如果输入的是FASTA格式的序列,那么在输入框里面点一下...
Blast简介（二）Blast是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。下表列出了主要的blast程序。9 主要的blast程序 程序名BlastnBlastpBlastxTblastnTBlastx查询序列...
•2、以序列为主检索相关信息——BLAST •生物信息学时代BLAST相当于分子生物学 进代的“PCR‖技术 DNAPolymeraseReplication N N N N NH 2 O HH HH HH OPOPOPO N N N N NH 2 O HOH HH HH OPOPOPO 传统分子技术必然会让位于BLAST为主的生物信息技术 ...
Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 First of all,还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子(Promoter) 下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤 1. 打开Map viewer 页面, 网址为: ...
二）Blast是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。下表列出了主要的blast程序。9 主要的blast程序 程序名BlastnBlastp 查询序列核酸蛋白质 Blastx ...
PairwiseBLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1” 为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。 IgBLAST—IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序 列。它允许用blastp或blastn来搜索nr资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变 ...