一、BLAST界面 网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ 二、Blastp检索 1.基本检索 1.1 enter query sequence(输入查询序列) query subrange(序列范围):默认全部 1.2 choose search set (选择搜索数据库) 一般选择nr/nt数据库 organism:选择物种 1.3 program selection(筛选程序选择) 2. algorithm parameter (算法...
搜索鉴定基因的保守结构域,应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search,而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是非常重要的,因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域! 1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择...
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。 出现如下界面,黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列,Batch CD-Search可以上传多条序列。 2. 我们先以CD-Search为例,预测单条序列的结...
CD - Search 是利用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。 Pairwise BLAST Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,那么“序列2”确实是被比较序列。 IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列...
CD - Search 是使用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。 Pairwise BLAST Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。 IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。 出现如下界面,黄色部分即是本次要讲的工具。其中CD-search只能提交单条序列,Batch CD-Search可以上传多条序列。
Conserved Domain Search Service (CD Search) 鉴定蛋白质序列中存在的保守结构域。 E-Utilities 在常规Web查询界面之外提供对NCBI Entrez系统内数据访问的工具。 Ebot 允许用户使用在线表单构建E-utility分析流程,然后生成Perl脚本以执行分析流程的工具。 Gene Expression Omnibus (GEO) BLAST ...
CD - Search 是使用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。 Pairwise BLAST Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。 IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。
CD - Search 是使用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。 Pairwise BLAST Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。 IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。
CD - Search 是使用RPS - BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据库(Conserved Domain Database) 做比较。 Pairwise BLAST Pairwise BLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。 IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。