ncbi-genome-download这个Python包可以帮助我们在Linux等终端上下载序列文件,而无需打开网站。这个包的原理是通过ENTREZ API接口从GenBank/RefSeq来下载序列。 #首先使用pip进行安装pip install ncbi-acc-download #!/bin/bash# 列出要下载的登录号ids=("NC_016902""NC_012971""NC_017656""NC_011751""NC_011750""...
8、将RR_Acc_List.txt放到sratoolkit.2.11.0-win64文件夹中bin文件夹中，在bin文件夹中按住shift同...
prefetch --option-file /User/user/data/SRR_Acc_List.txt SRR_Acc_List.txt为包含所需下载样本的样本名的文件,可直接从NCBI中直接获得,具体步骤如下 第五步,数据解压 a. 单个数据解压 fastq-dump --gzip --split-3 -O /User/outdir -A SRR390728 --gzip :输出为gz格式压缩文件-O :设置输出的文件...
第一步,打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。点击Download,然后会导航向新的页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/download/) 第二步,选择下载的方式。这里我们选择用下载工具来获取自定义数据集,点击Dowdload Tools即可。导航至新的页面(Software Tools-Download-NCBI)后,我们选择使用SRA Toolkit,这...
② 下载到本地:选择download一栏会直接下载到本地,不想下载到本地请看③ ③下载到服务器:复制下载链接到linux上下载 wget -c -b https://www.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=DRR296014 2. 利用软件:SRA Toolkit 和 Aspera (1) SRA Toolkit ① 单个下载:指定Run编号下载 prefet...
# 下载wget wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3...
二.几种代号的意思ACCE55IDH是NCBI序列数据中我们常用到编号(另一个是Gl )( ACCESSION形式为C C 15、# r其中CC为两个字母r其不同组合又可以区分为雷日序列、核酸序列或基因组序 ,而物位数不等的敖宁;ACCESSION后面又会加版本号,以CC #札弄形式表示,最后的 尾数递增表示序列信息较之前的版本有所修改,...
handle=Entrez.esearch(db=args.database, term=args.term, idtype="acc") record=Entrez.read(handle)foriinrecord['IdList']: print i+'\n'handle=Entrez.efetch(db=args.database, id=i, rettype=args.rettype, retmode="text") #print(handle.read()) ...
$ nohup prefetch `less SRR_Acc_List.txt` & 2. sacp ,飞一般的下载速度 2.1 安装ascp wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz ...
handle = Entrez.esearch(db=args.database, term=args.term, idtype="acc") record = Entrez.read(handle) foriinrecord['IdList']: printi+'\n' handle = Entrez.efetch(db=args.database, id=i, rettype=args.rettype, retmode="text")