# 下载wget wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3...
mkdir testdata && cd testdata # 将文件列表文件(SRR_Acc_List.txt)放入testdata/文件夹 # prefetch下载PRJNA1082127项目SRA格式序列数据,其下载结果和后续操作都与“prefetch PRJNA1082127”命令一致。 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt (4) 安装SRA Toolkit SRA Toolkit可以视为sra-tools的孪生兄弟,其二...
搭建本地NCBI病毒库用于Blast 目的:为了通过Blast剔除我数据集中所有与Human任意片段相似度超过97%的序列 日期:2022/11/17 1. Nt库下载 创建conda环境 conda create -n aspera conda activate aspera conda inst
conda activate download_raw_data 下载 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 prefetch SRR10193119 image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下,这个相对还是挺快的,2.5个G,4分钟左右就下载好了 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI...
执行conda的安装两个软件(kingfisher和aspera),是如下所示的代码: 生信技能树 2024/11/21 1140 Aspera下载SRA文件 filelisttxt 很多时候需要同时下载多个SRA文件,ascp命令提供参数--file-list,用于批量下载SRA文件。 戈贝尔光和热 2018/12/27 2.3K0 NCBI下载sra数据(新) 其他 今天要上NCBI下载sra数据发现...
conda install sra-tools 安装完成后,如果只是下载单个数据: prefetch SRR1482463 -O /lustre/home/liruyuan/data #SRR是要下载的数据的下载号,-O后面是输出的路径,也就是你要把下载的数据放在哪里 如果是下载批量数据: prefetch -O /lustre/home/liruyuan/data --option-file SRR_Acc_List.txt ...
blastdb_aliastool -seqidlist Lactobacillus.taxid.acc.new.txt -db nr -out nr_Lactobacillus -title nr_Lactobacillus blastdb_aliastool必须是ncbi toolkit里的,比如ncbi-blast-2.10.1+。conda安装的不行。 7.应用 blast系列有以下几种 摘自徐洲更hoptop简书 o(*^@^*)o ...
2025年4月安装prefetchconda install bioconda::sra-tools安装asperawget -c https://d3gcli72yxqn2z....
3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh #查看是否有.aspera文件夹 cd # 去家目录 ls -a # 如果看到.aspera文件夹,代表安装成功 # 永久添加环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && cp ~/.bashrc~/.bash_profile source ~/.bashrc ~/.bash_profile ##或者直接conda安装 ...