MutMap的原理 MutMap比较适合对EMS诱变的隐性突变基因进行分析。通过EMS诱变和自交得到纯合体后,将突变体和其亲本回交得到F1,F1自交得到的F2后代会出现表型的分离,得到野生型表型群体和突变体表型群体。对这两个群体的DNA分别进行等量混合,得到野生型DNA混池和突变体DNA混池。将两个混池分别进行DNA测序,利用MutMap pepl
一、MutMap原理介绍 MutMap的原理基于自交后代的遗传特点。自交后代中，突变基因通常与其他区域的基因连锁，形成一个较长的连锁区域。通过比较自交后代中突变个体与正常个体的基因组测序数据，可以发现这些连锁区域中的突变位点。二、MutMap实验步骤 1. 自交后代的制备：首先，选择两个不同的突变个体进行自交，得到F2代...
图１ MutMap原理图 MutMap＋ MutMap+方法是基于MutMap方法，主要是针对与不能用于突变型和野生型杂交的情况，原理图见图２，具体分析过程如下： １）野生型（WT）诱变得到的突变型（M1）自交得到M2； ２）将M2种植后观察表型，统计野生型和突变型是否符合3:1的分离比，如果符合，我们认为该...
MutMap+的原理如图1,将野生型(WT)诱变得到的突变型(M1)自交得到M2,因为诱变产生的突变型一般是杂合的,在M1中不会表现出突变表型(尽管显性突变或者加性突变会在M1中表现,这里不作讨论,我们这里只关注隐性突变)。将M2种植后观察表型,统计野生型和突变型是否符合3:1的分离比(卡方检验),如果符合,我们认为该突变表...
该方法的原理是利用突变体和野生型的基因组DNA进行测序,通过比对两者的序列差异,确定突变位点所在的染色体区域,从而缩小突变基因的范围。MutMap方法具有高效、快速、准确的特点,已经被广泛应用于植物遗传研究中。 MutMap方法的具体步骤如下:首先,将突变体和野生型的基因组DNA进行测序,得到两者的序列数据;然后,将两者的...
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突变基因:原理篇》中,我对MutMap的原理进行的简单的介绍。在本篇教程中,我会对MutMap分析的流程及分析过程中使用到的软件及其参数的设置进行逐一的分解,以求对MutMap的分析流程有更深入的理解。 1.对重测序数据进行质控,挑出高质量的reads (1)使用软件:FASTX-Toolkit ① fastq_...
MutMap-Gap的原理 首先我们要将所研究品系的野生型和参考基因组比对,得到所研究品系的参考基因组。然后利用EMS诱变,再进行MutMap分析,得到SNP-index图。对位于SNP-index图peak区域内的基因进行分析,如果在这个区域内找不到跟突变性状相关的基因,那么突变位点很有可能就在品系特有基因区域内(图A)。
3.根据EMS诱导突变原理筛选 由于EMS诱导的突变主要集中在G→A和C→T,所以图中只保留了这两种突变 在文章的附件中给出了一系列不同覆盖度与不同混样数量情况下,性状不相关突变位点在SNP-index上的频率分布图 其中n代表混养池中样本的数量,G代表平均覆盖度,由图中来判断出纯合突变的SNP-index阈值 ...
在深入探讨MutMap的流程篇之前，我们首先对上一篇文章进行了简要回顾，那篇文章对MutMap的基本原理进行了概述。现在，我们将逐步解析MutMap的分析流程，并探讨在这一过程中所需使用的软件及参数设置，以实现对突变基因的快速定位。在MutMap的分析流程中，对重测序数据的质量控制是首要步骤，这决定了后续分析...