一、MutMap原理介绍 MutMap的原理基于自交后代的遗传特点。自交后代中,突变基因通常与其他区域的基因连锁,形成一个较长的连锁区域。通过比较自交后代中突变个体与正常个体的基因组测序数据,可以发现这些连锁区域中的突变位点。 二、MutMap实验步骤 1. 自交后代的制备:首先,选择两个不同的突变个体进行自交,得到F2代的...
MutMap的原理 MutMap比较适合对EMS诱变的隐性突变基因进行分析。通过EMS诱变和自交得到纯合体后,将突变体和其亲本回交得到F1,F1自交得到的F2后代会出现表型的分离,得到野生型表型群体和突变体表型群体。对这两个群体的DNA分别进行等量混合,得到野生型DNA混池和突变体DNA混池。将两个混池分别进行DNA测序,利用MutMap ...
野生型亲本通过EMS诱变得到突变型,筛选感兴趣的突变体与野生型亲本杂交,得到F1代,再自交得到F2代,在F2代中选择突变个体进行混池测序,然后与亲本参考基因组进行比对,计算每个SNP位点对应的index值,具体原理见图1。 注:SNP-index值是某个位点含有SNP的reads数与测到该位点的总reads数的比值,大小范围为0-1,若该参数...
该方法的原理是利用突变体和野生型的基因组DNA进行测序,通过比对两者的序列差异,确定突变位点所在的染色体区域,从而缩小突变基因的范围。MutMap方法具有高效、快速、准确的特点,已经被广泛应用于植物遗传研究中。 MutMap方法的具体步骤如下:首先,将突变体和野生型的基因组DNA进行测序,得到两者的序列数据;然后,将两者的...
MutMap作为基因定位的重要工具，其原理基于BSA（分离群体分组分析法）。通过对比不同表型的分离群体DNA，利用SNP和Indel作为marker，计算SNP频率，从而寻找与表型紧密连锁的染色体区域。这一方法在植物基因定位中尤为经典，如MutMap、MutMap+、MutMap-gap和QTL-seq等方法，适应于不同分离群体的基因定位需求。
MutMap+的原理如图1,将野生型(WT)诱变得到的突变型(M1)自交得到M2,因为诱变产生的突变型一般是杂合的,在M1中不会表现出突变表型(尽管显性突变或者加性突变会在M1中表现,这里不作讨论,我们这里只关注隐性突变)。将M2种植后观察表型,统计野生型和突变型是否符合3:1的分离比(卡方检验),如果符合,我们认为该突变表...
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突变基因:原理篇》中,我对MutMap的原理进行的简单的介绍。在本篇教程中,我会对MutMap分析的流程及分析过程中使用到的软件及其参数的设置进行逐一的分解,以求对MutMap的分析流程有更深入的理解。 1.对重测序数据进行质控,挑出高质量的reads (1)使用软件:FASTX-Toolkit ① fastq_...
并以其成本低、分析简单,使基于WGS的MutMap方法有了更大的应用空间。前面我们介绍了MutMap的分析原理,今天我们组学大讲堂推出直播课程,手把手教大家如何从原始数据做MutMap分析,包括计算snp-index,关联分析,绘图展示等等。以下为课程内容: 1.介绍mutmap性状定位分析原理...
通过前面两篇文章对MutMap原理和分析流程的介绍,我们对MutMap的分析已经有了比较深入的了解,是时候来点儿数据实战一下了! MutMap的发明者已经搭建好了一套Pepline,并写好了MutMap pipeline framework供大家免费使用。我们只需要将数据按照要求进行放置和命名,并通过非常简单的几个命令,将任务提交给服务器,经过三五天的...