裁剪掉多余的部分,ps窗口里的图像目前如下所示。蓝色的区域静电势为负值,红色的区域静电势为正值,白色的区域静电势约为0。 往期回顾 使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布(上) 干货丨Materials Studio搜索过渡态(二) 干货丨Materials Studio搜索过渡态(一) 干货丨从头算分子动力学模拟分析结构热稳定性 干...
量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)应用 Multiwfn 3.8 dev 完成了分子表面静电势分布的计算。
multiwfn软件是一款功能强大的量子化学计算工具,通过计算原子轨道局部密度,可以得到材料的静电势分布。 二、multiwfn静电势计算方法 1.计算基本原理 multiwfn静电势计算基于以下基本原理:首先,通过量子化学方法计算原子轨道能量;然后,根据原子轨道能量和占据度信息,构建原子轨道局部密度;最后,根据原子轨道局部密度计算静电势。
multiwfn静电势计算是基于多重静电势方法的一种计算方法,通过计算分子中各原子的静电势,得到分子的静电势分布。其计算流程主要包括:构建分子模型、计算相互作用势、计算静电势等。 三、multiwfn静电势计算应用 1.分子对接 分子对接是multiwfn静电势计算的重要应用之一。通过计算分子间的静电势,可以评估对接过程中原子间的...
进入Graphics-Representations,然后执行以下3步来分别设定分子结构、分子表面极值点、分子表面顶点的显示方式。(如果只是想简单地看一下表面静电势分布,只要做第3步即可) (1)在Selected Molecule一栏里选择furan.pdb,Drawing Method选Licorice,Bond Radius减小到0.1。
本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和photoshop作分子表面静电势图既不比使用Gaussview快,步骤也比它复杂,但是优点十分显著,就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置,可以十分灵活地调节显示效果,而且还可以通过相同的方法绘制出分子表面上静电势以外的实空间函数的分布,比如平均局部离子化能、局部...
本文涉及两种展现分子表面静电势分布的做法，第一种是196文中已经详细交代的，用Multiwfn的主功能12对静...
本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和photoshop作分子表面静电势图既不比使用Gaussview快,步骤也比它复杂,但是优点十分显著,就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置,可以十分灵活地调节显示效果,而且还可以通过相同的方法绘制出分子表面上静电势以外的实空间函数的分布,比如平均局部离子化能、局部...
我们先通过表面顶点着色方式展现分子范德华表面静电势分布。双击ESPpt.bat,很快就运算完毕。然后启动VMD,在文本窗口输入pt,立刻看到下图 ESPpt.vmd脚本里默认色彩刻度是-50kcal/mol ~ 50 kcal/mol,对应颜色按照“蓝-白-红”过渡。如果想在VMD的界面里直接修改显示设定,诸如点的尺寸、色彩刻度范围等,见196一文。
分子表面上静电势的分布一目了然。分子表 面一般都用Bader定义的范德华表面,即 电子密度为0.001e/Bohr^3的等值面。 只要提供所需的输入数据,这种图在许多程 序中都可以作,例如Molekel。特别是在常 用的Gaussview里作这种图比较简单快 捷。本文介绍的通过Multiwfn的定量分子 ...