proc pt2 {} {source ESPpt2.vmd} proc ext {} {source ESPext.vmd} 二、查看体系能量范围 在Multiwfn中导入.fchk文件,依次输入12—0,记录实际体系的静电势范围 1 a.u. = 627.15 kcal/mol = 1 Ha = 27.2114 eV = 2625.500 kJ/mol 三、绘制ESP 1.打开VMD,在Extensions—Tk Console模块中输入source ...
在VMD main窗口里面双击0的D标签使其变红,此时窗口内就只有分子表面和色彩刻度轴显示了出来。 按Alt+Printscreen键截屏,在photoshop里按Ctrl+N点击创建,然后Ctrl+V把截的图粘贴。此时图像大小正好和VMD窗口大小完全一致。 在VMD main窗口双击1和4的D标签使其变红,从而只让分子结构显示出来,将背景改为绿色。 然后...
本视频演示如何使用Multiwfn结合VMD利用脚本非常简单、快速地绘制效果很理想的静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图。看本视频后请务必阅读对应的文章《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html。若有问题也可以跟帖提问。视频...
高斯(Gaussian)-福井(Fukui)-自然键轨道(NBO)计算教程(1) juntaoguo 02:00 用VMD绘制极高质量的轨道等值面图的方法 sobereva 02:13 ESP等值面图绘制 科研饥兽 16790 16:20 贱小贱0220 03:09 量子化学系列 08-静电势图的绘制 一颗干饭的心 03:22
本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和photoshop作分子表面静电势图既不比使用Gaussview快,步骤也比它复杂,但是优点十分显著,就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置,可以十分灵活地调节显示效果,而且还可以通过相同的方法绘制出分子表面上静电势以外的实空间函数的分布,比如平均局部离子化能、局部...
我用的是vmd19.3 基本是按上述操作进行，最后打开vmd，输入iso没啥反应 vmd输入如图所示 也将vmd和...
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子 表面静电势分布 文/Sobereva2013-Jul-28 1前言 分子表面静电势图经常在文献中出现,不同 表面区域静电势大小通过不同颜色展现,使 分子表面上静电势的分布一目了然。分子表 面一般都用Bader定义的范德华表面,即 电子密度为0.001e/Bohr^3的等值面。
分子表面一般都用Bader定义的范德华表面,即电子密度为0.001 e/Bohr^3的等值面。只要提供所需的输入数据,这种图在许多程序中都可以作。本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和Photoshop作分子表面静电势图步骤相对步骤较多,但是优点十分显著,就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置,可以十分灵活地...
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 文/Sobereva??2013-Jul-28 1 前言 分子表面静电势图经常在文献中出现,不同表面区域静电势大小通过不同颜色展现,使分子表面上静电势的分布一目了然。分子表面一般都用Bader定义的范德华表面,即电子密度为0.001 e/Bohr^3的等值面。只要提供所需的输入数据,这种图在...
用Multiwfn的主功能12对静电势做定量分子表面分析导出表面顶点文件vtx.pdb，载入到VMD中显示出来，并根据...