在miRNA‑miRNA‑TF‑mRNA‑mRNA调控网络中,使用功能模体发现分析(FANMOD)软件检测不同类型的三节点和四节点网络模式。每种网络模式类型都通过随机网络生成并进行显著性评估。计算每个网络模式类型的Zscore(真实网络中观察到的网络模式频率...
我的python安装在D盘,所以python.exe的路径就好设置了: 构建配体-受体-TF-mRNA多层网络: #计算配体-受体-TF-mRNA多层网络netList<- RunMLnet(sample@assays$RNA,"cellType.txt", RecClu, LigClu,pval, logfc)#可视化DrawMLnet(netList,LigClu,RecClu,workdir,PyHome,plotMLnet = T) 当然以上是单独两个细胞...
绿色圆形表示TF,菱形表示miRNA 7. 合并TF-miRNA调控关系及miRNA-mRNA作用关系来构建miRNA调控网络。 图7. TF-miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,绿色圆形表示TF,蓝色圆形表示mRNA,箭头表示调控关系,线条表示蛋白质互作。 参考文献 1. Friedman RC, Farh KK, Burge CB, et al. Most mammalian mRNAs are conserved...
TF是转录因子，调控转录产物的，可以是mRNA，也是非编码RNA（例如miRNA），也可是其他。miRNA也可以作用于mRNA，影响mRNA的表达。反正，应该是一个调控的网络。
谢谢楼下的回答,为了得到更准确的答案,补充如下:miRNA能直接降解TF,如形成复合物等? 扫码下载作业帮搜索答疑一搜即得 答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 TF是转录因子,调控转录产物的,可以是mRNA,也是非编码RNA(例如miRNA),也可是其他.miRNA也可以作用于mRNA,影响mRNA的表达.反正,应该是一个调控的网络. 解析...
ceRNA图。生物信息 mRNA-lncRNA-miRNA图 生信分析666 1.8万 10 11:54 networkanalyst网站结合cytoscape软件构建gene-mirna-tf三联互作网络图 熬夜干科研 722 1 11:49 1.Cytoscape入门-基本网络构建 Mendelism 1.4万 2 19:41 如何使用cytoscape制作中药-成分-靶点网络关系图 da申 10.8万 106 08:20 ...
构建TF-mRNA-miRNA调控网络(利用TRRUST和Mirwalk网站)并用Cytoscape作图 1.2万播放 古法拔高运动❗️最后一个动作是精髓🔥小个子别错过~【此训练与骨骼增长无关,是体态方面的矫正以及椎间隙的增宽,并结合肌肉训练让身高延展视觉显高】抻筋拔骨气血充盈 14.7万播放 紫微斗数案例68/ 40岁的男人问财运如何?一看盘...
构建配体-受体-TF-mRNA多层网络: #计算配体-受体-TF-mRNA多层网络netList<- RunMLnet(sample@assays$RNA,"cellType.txt", RecClu, LigClu,pval, logfc)#可视化DrawMLnet(netList,LigClu,RecClu,workdir,PyHome,plotMLnet = T) 当然以上是单独两个细胞群的受配体交互,我们也可以固定配体细胞,将多个细胞定义逐...
绿色圆形表示TF,菱形表示miRNA 7. 合并TF-miRNA调控关系及miRNA-mRNA作用关系来构建miRNA调控网络。 图7. TF-miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,绿色圆形表示TF,蓝色圆形表示mRNA,箭头表示调控关系,线条表示蛋白质互作。 参考文献 1. Friedman RC, Farh KK, Burge CB, et al. Most mammalian mRNAs are conserved...
scMLnet不仅可以模拟细胞间通信,还可以模拟细胞内基因调控网络。其基于细胞类型特异性基因表达、先验网络信息和统计推断,整合了细胞间通路(配体-受体相互作用)和细胞内子网络(受体-TF 通路和 TF-靶基因相互作用)。这意味着,scMLnet 可用于使用 scRNA-seq 数据预测细胞内基因表达的微环境调节因子,并了解细胞间通讯的...