近日,来自澳大利亚昆士兰大学的研究团队在Nature Communications发表了题为“mRNA vaccine quality analysis using RNA sequencing”的研究,建立了一种使用纳米孔测序分析mRNA疫苗和疗法的简化方法——VAX-seq。与行业内其他的标准技术相比,VAX-seq可以全面检测关键的mRNA疫苗质量特征,包括序列、长度、完整性和纯度。研究人员...
❝ 基因融合的鉴定,可以基于全基因组测序数据(whole-genome sequencing,WGS),也可以利用转录组测序数据(RNA-seq),或者二种技术结合起来更好。「WGS鉴定出的基因融合」,基本能确定是由于基因组层面发生某种变异而引起的,但如果没有转录组测序数据,就无法准确判断融合后产生的新基因是否能够表达,或表达量的高低。而「...
GSEA,全称Gene Set Enrichment Analysis,即基因集富集分析。它和常规富集分析有何不同?GSEA无需做差异分析,直接检测所有基因的表达量即可找到两组间有一致性差异的感兴趣的通路,能找到那些差异不很明显但是基因差异趋势很一致的功能基因集。 但是,GSEA是不是只适用人的测序应用?如果要做其他物种,就得额外准备超多工作...
21号,BASE团队在Nature Communications发表文章:mRNA vaccine quality analysis using RNA sequencing,他们开发了一种采用长读长纳米孔测序分析 mRNA 疫苗关键质量属性的方法,称为 VAX-seq,对 mRNA 序列,长度,完整度,纯度,修饰核苷展开精确定量分析。相比现有昂贵耗时的分析方法(HPLC、毛细管电泳、凝胶电泳等),VAX-seq ...
电针对大鼠皮肤创面模型促进愈合作用的mRNA测序分析(An mRNA sequencing analysis of the healing-promoting role of electroacupuncture a in rat skin wound model) 本研究证明了电针可以促进创面修复,并首次探讨了电针在皮肤创伤愈合过程中基因表达谱的变化。为进一步加深对电针促进皮肤创面修复作用机理的认识提供了科学依...
mRNA design and analysis with VAX-seq Detailed analysis is key to the development and manufacture of mRNA vaccines and therapies. VAX-seq enables the analysis of mRNA vaccines using long-read nanopore cDNA sequencing (Fig.1). To demonstrate the use and validation of the VAX-seq protocol, we ...
single cell RNA 3'-end sequencing 我们在单细胞3' RNA测序中,很重要的工作就是衡量不同基因的表达情况,但是我们是用CPM还是RPKM还是FPKM呢?实际上,你只能并且只会用到CPM,试想一下,3'端测序难道不是测到一个read就是相当于一个mRNA吗?这个数量和基因长度有关系吗?显然没有关系,基因再长,3'端测序终究只能...
Next-generation sequencing technology is a powerful tool for transcriptome analysis. However, under certain conditions, only a small amount of material is available, which requires more sensitive techniques that can preferably be used at the single-cell level. Here we describe a single-cell digital ...
接下来,研究人员使用独创性路径分析(Ingenuity Pathway Analysis)评价这些差异表达基因所反映的功能作用和生物学过程。研究显示,AD患者中下调基因多与神经系统功能相关,且相当一部分为脑特异性基因;而上调基因在与免疫应答激活、线粒体活性、蛋白质稳态相关的通路中显著富集。GO生物学过程富集分析证实,AD患者中被下调的基...
PARE-seq(parallel analysis of RNA ends sequencing)可以分析内切核酸酶的切割位点,借助这一技术,作者分析了YTHDF2识别位点,HRSP12结合位点及RNase P/MRP切割位点的分布情况。结果表明HRSP12结合位点和RNase P/MRP切割位点分别位于YTHDF2识别位点的上游和下游。YTHDF2和HRSP12协同促进相互结合RNA分子,并促进基于RNase...