(图2)miRNA和mRNA的差异表达 二、构建miRNA-mRNA调控网络 通过在TCGA和测序数据之间的交叉分析,得到30个共有的差异miRNAs,包括19个上下调一致的差异miRNAs和11个上下调不一致的差异miRNAs。从19个一致的共有差异miRNA中总共鉴定出5479个靶mRNA。接下来,通过对TCGA和测序数据中的差异mRNAs进行交叉分析,鉴定出760个共有...
我院谢梅琼课题组揭示小菜蛾免疫真菌感染的mRNA - miRNA调控新网络 近日,我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the...
还是这张图。为了重复它。昨天发的是数据整理部分的代码。今天是完整操作 1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download...
在进行dif-lncRNA-miRNA-dif-mRNA复合网络构建时,计算lncRNA和mRNA的Pearson相关系数,并进行相关性检验,是不可或缺的一步,一般我们更关注lncRNA-mRNA正相关表达关系,筛选出的r> 0.6且p value < 0.05的lncRNA-mRNA,被认为极显著相关的lncRNA-mRNA共表达正相关关系。 后续我们借助Cytoscape才能得到如下的dif-lncRNA...
两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。
TF-miRNA-mRNA-Network 转录因子与miRNA作用网络图 miRNA的转录因子预测 转录因子的靶标预测 转录因子与lncRNA作用网络图 lncRNA的转录因子预测 价格: 在线询价 地址:北京 周期:7个工作日 查看商家电话 服务描述 服务简介 根据差异mRNA、miRNA和lncRNA,通过Tansfac数据库预测其前体的转录因子,并将预测的转录因子与...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
合并miRNAs与靶基因总集的蛋白质互作关系,从而建立miRNA-mRNA的调控网络。 图5. miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,圆形表示mRNA,红色线条表示miRNA对mRNA的调控关系,蓝色线条为mRNA之间的蛋白质互作关系 6. 预测调控miRNA的转录因子(Transcript Factor) 1)基于调控因子结合位点数据库,利用相应算法进行调控因子及结合位点...
图B&C:基因过表达和干扰胶质瘤细胞系经表达谱芯片筛选的差异显著lncRNA和miRNA。 图D :裸鼠活体实验中注射稳定表达的肿瘤细胞后,肿瘤体积变化情况。 图E: 裸鼠活体实验中注射稳定表达的肿瘤细胞后,小鼠群体的生存率分析。 研究意义 本文研究了PIWIL3、piR-30188,、OIP5-AS1和miR-367-3p在神经胶质瘤细胞中表...
图6 4、结直肠癌中建立潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络 作者构建了miR-145-5p靶基因网络图(图7A)和miR-135b-5p靶基因网络图(图8A)。miR-145-5p的表达与17个靶基因表达反向关联,而只有miR-145-5p/CBFB、miR-145-5p/CDK4、miR-145-5p/MMP1、miR-145-5p/MMP12、miR-145-5p/ROBO2、miR-145-5p/SNT...