因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也可以用来绘制TF-mRNA,RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。 1...
我院谢梅琼课题组揭示小菜蛾免疫真菌感染的mRNA - miRNA调控新网络 近日,我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the...
然后,我们整合了circRNA-miRNA网络和miRNA-mRNA调控网络,并使用Cytoscape构建了一个完整的circRNA-miRNA-mRNA调控网络网络(图7)。 7. RT-PCR验证 为验证OA中的DECs表达,在OA软骨和非OA软骨(n =5)验证,大多数结果与我们的分析一致(图8)。 8. 中枢DECs功能的体外验证 建立了体外IL-1β介导的OA软骨细胞模型,以...
因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也可以用来绘制TF-mRNA,RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。 1...
图3差异表达基因KEGG分析结果Fig 3KEGG analysis results of differentially expressed genes五、差异表达基因miRNA-mRNA网络分析结果通过miRNA-mRNA网络分析,汇总与差异表达miRNA对应靶基因mRNA共230个,其中与hsa-miR29a-3p对应靶基因mRNA有15...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也可以用来绘制TF-mRNA,RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。
因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也可以用来绘制TF-mRNA,RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。
主要还是信号通路和GO term。绘图就是形成这么多miRNA和mRNA之间的互作图了: 要是觉得这样的图都没联通起来,那就需要调整一下结果中的筛选选项: 这里是可以选择多个数据库数据交集,或者调整结合相关系数的,调整后,就变成了这样: 当然,这miRNA和mRNA都是我随便选的,你们自己要的话,就按照自己筛出来的基因去画哈。
分别对mRNA和miRNA的表达矩阵,进行差异分析,分别拿到上下调的mRNA和miRNA的集合。然后使用miRWalk2来查询mRNA和miRNA的调控关系,输入数据是32个有差异的miRNA,预测到的这些靶mRNA,跟前面的差异MRNA进行交集,最后剩下502个mRNA和miRNA的调控关系。全文主要是差异分析的基因列表,热图以及mRNA和miRNA的的调控网络图。