MR-Base是一个在线的遗传因果推断平台,网址为http://www.mrbase.org。它提供了一个集成的工具和数据库,用于进行基因组学研究中的遗传因果推断分析。 功能包括: 1.数据库:MR-Base整合了大量的遗传关联研究和基因表达数据,包括GWAS(基因组关联研究)和eQTL(表达量遗传调控)数据,以及其他与基因组学研究相关的数据集。
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）利用单核苷酸多态性（SNP）进行遗传关联研究和基因组学中的因果推断。基于孟德尔遗传学定律，研究者通过已知的SNP与特定性状或疾病之间的关联，将个体根据其基因型随机分组，以推断SNP与性状或疾病之间的因果关系。这种方法的关键在于验证SNP与性状或疾病之间存在相关...
MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站 欢迎关注”生信修炼手册”! 通过孟德尔随机化研究,可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系, 比如使用的很广泛的两样本MR分析 对于暴露因素X和结局变量Y两个表型,以遗传变量G为工具变量,通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。 目前gwas的公开结果很多,...
MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
1. 注册和登录:首先,我们需要注册一个 MrBase 的帐户。注册完成后,我们可以使用所提供的凭据登录到系统中。 2.创建数据库:一旦成功登录,我们可以开始创建一个新的数据库。我们需要为数据库指定一个名称,并选择所需的设置。例如,我们可以选择使用默认设置,或自定义数据库的配置。 3.创建数据表:在数据库中,我们可...
MRBase 是一个用于管理和分析大规模矩阵数据的开源工具。它可以用于处理各种类型的矩阵数据,包括基因表达数据、蛋白质互作网络、基因组测序数据等。MRBase 的使用策略可以从以下几个方面来考虑: 1. 数据准备,在使用 MRBase 进行分析之前,首先需要准备好相应的矩阵数据。这可能涉及到数据的清洗、格式转换、以及数据质量...
mr_base.dll 文件列表 文件大小X86/X64文件版本文件描述MD5 180KX863.3.3.35mental rayA3E7D5FBC6C2D0609F73EBA888F44EB2 该文件总计1个版本,请下载到本地查看详情 如何选择&使用 第一步:您从我们网站下载下来文件之后,先将其解压(一般都是zip压缩包)。
然后出现前面:The query to MR-Base exceeded 300 seconds的问题,主要是我把很多exposure的snp放在一个txt文档里面,想一起做clump,后来觉得把exposure 逐个拆开,用for循环来逐个文件做clump。 更多学习资料 可见公众号 小饼干的科研杂货铺
The MR-Base platform supports systematic causal inference across the human phenome. Elife. 2018;7. doi:10.7554/eLife.34408. H Gibran,J Zheng,E Benjamin,... - 《Elife》 被引量: 36发表: 2018年 Inadequate study designs for the evaluation of blood pressure monitoring devices and their potential...