目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
TwoSampleMR是MR-Base数据库开发团队提供的R包,可以调用MR-Base数据库中已有的gwas结果,来进行2SMR分析,官方文档链接如下 https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/ 2SMR分析需要两个输入文件,第一个文件为遗传变异与暴露因素的gwas结果,第二个文件为遗传变异与结局变量的gwas结果。对于暴露因素相关的gwas结果,TwoSam...
MR-Base MR-Base是一个在线的遗传因果推断平台,网址为mrbase.org。它提供了一个集成的工具和数据库,用于进行基因组学研究中的遗传因果推断分析。 功能包括: 1.数据库:MR-Base整合了大量的遗传关联研究和基因表达数据,包括GWAS(基因组关联研究)和eQTL(表达量遗传调控)数据,以及其他与基因组学研究相关的数据集。用...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的... 查看原文 Mapping regulatory variants controlling gene expression in drought response and tolerance 笔记 的。为了从eQTL中筛选出与可信度更高的基因,作者进行了孟德尔随机化检验(MRtest)筛选出...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
#step 2 使用MR base数据库提供的暴露因素GWAS数据 #关于extract_instruments()的使用,有几个参数需要大家注意一下: # (1)第一个就是access_token这个参数,对于中国大陆地区的用户必须设置该参数为access_token=NULL,这样才能顺利获取数据,否则就需要开VPN获取谷歌授权。
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