MR-Base MR-Base是一个在线的遗传因果推断平台,网址为mrbase.org。它提供了一个集成的工具和数据库,用于进行基因组学研究中的遗传因果推断分析。 功能包括: 1.数据库:MR-Base整合了大量的遗传关联研究和基因表达数据,包括GWAS(基因组关联研究)和eQTL(表达量遗传调控)数据,以及其他与基因组学研究相关的数
MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站 欢迎关注”生信修炼手册”! 通过孟德尔随机化研究,可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系, 比如使用的很广泛的两样本MR分析 对于暴露因素X和结局变量Y两个表型,以遗传变量G为工具变量,通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。 目前gwas的公开结果很多,...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
SNP的孟德尔随机化是利用单核苷酸多态性进行遗传关联研究和基因组学中的因果推断的一种方法，而MRBase是一个提供遗传因果推断分析工具和数据库的在线平台。SNP的孟德尔随机化： 基于原理：基于孟德尔遗传学定律，通过已知的SNP与特定性状或疾病之间的关联，推断SNP与性状或疾病之间的因果关系。 关键要素：验证...
本地clump的数据,自己在 dplyr::tibble列哪些数据才展现哪些数据,比在线的clump的数据要少一些。 然后出现前面:The query to MR-Base exceeded 300 seconds的问题,主要是我把很多exposure的snp放在一个txt文档里面,想一起做clump,后来觉得把exposure 逐个拆开,用for循环来逐个文件做clump。
1.安装mrbase:首先需要在本地计算机上安装mrbase。可以通过pip命令进行安装,具体命令为:`pip install mrbase`。 2.准备数据:将需要处理的数据准备好,并按照 mrbase 的要求进行格式化。通常需要将数据存储在一个文本文件中,并按照指定的格式进行编写。 3.运行 mrbase:在命令行中输入 `mrbase sort -i input_file...
MR-Base: a platform for systematic causal inference across the phenome using billions of genetic associations. bioRxiv.078972.Hemani, G. et al. MR-Base: a platform for systematic causal inference across the phenome using billions of genetic association. bioRxiv 78972, (2016)....
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mrbase/cachet-slack-integration 翻译/ 编辑 Star 7 本月 6 GitHub Adds Slack notifications on Cachet events. 统计数据 Github Star 数量 昨日下载(延迟一天) 本月下载 历史下载 7 0 6 212 注:数据延迟一天。 榜单排行 Github Star 排行 昨日排行(延迟一天) 本月排行 历史排行 第2752 名 第5179 名 第...
R package for performing 2-sample MR using MR-Base database mrcieu.github.io/TwoSampleMR Resources Readme License Unknown, MIT licenses found Citation Cite this repository Activity Custom properties Stars 491stars Watchers 27watching Forks