MR-Base是一个在线的遗传因果推断平台,网址为http://www.mrbase.org。它提供了一个集成的工具和数据库,用于进行基因组学研究中的遗传因果推断分析。 功能包括: 1.数据库:MR-Base整合了大量的遗传关联研究和基因表达数据,包括GWAS(基因组关联研究)和eQTL(表达量遗传调控)数据,以及其他与基因组学研究相关的数据集。
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
通过孟德尔随机化研究,可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系, 比如使用的很广泛的两样本MR分析 对于暴露因素X和结局变量Y两个表型,以遗传变量G为工具变量,通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。 目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1...
SNP的孟德尔随机化是利用单核苷酸多态性进行遗传关联研究和基因组学中的因果推断的一种方法，而MRBase是一个提供遗传因果推断分析工具和数据库的在线平台。SNP的孟德尔随机化： 基于原理：基于孟德尔遗传学定律，通过已知的SNP与特定性状或疾病之间的关联，推断SNP与性状或疾病之间的因果关系。 关键要素：验证...
MR-Egger法用于估计基因对性状的因果效应，并检测和校正偏倚。加权中位数法则是一种合并多个孟德尔随机化估计结果的稳健方法。逆方差加权法用于估计基因对性状的因果效应，假设遗传变异之间无相关性。加权众数法则通过合并加权的众数作为最终的因果效应估计，减少估计结果的偏离。在MR-Base平台上进行实际操作时...
MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
1.安装mrbase:首先需要在本地计算机上安装mrbase。可以通过pip命令进行安装,具体命令为:`pip install mrbase`。 2.准备数据:将需要处理的数据准备好,并按照 mrbase 的要求进行格式化。通常需要将数据存储在一个文本文件中,并按照指定的格式进行编写。 3.运行 mrbase:在命令行中输入 `mrbase sort -i input_file...
网易云音乐是一款专注于发现与分享的音乐产品,依托专业音乐人、DJ、好友推荐及社交功能,为用户打造全新的音乐生活。
The MR-Base platform supports systematic causal inference across the human phenome. Elife. 2018;7. doi:10.7554/eLife.34408. H Gibran,J Zheng,E Benjamin,... - 《Elife》 被引量: 36发表: 2018年 Inadequate study designs for the evaluation of blood pressure monitoring devices and their potential...
MR-Base: a platform for systematic causal inference across the phenome using billions of genetic associations. bioRxiv.078972.Hemani G, Zheng J, Wade KH, Laurin C, Elsworth B, Burgess S, et al. MR-Base: a platform for systematic causal inference across the phenome using billions of genetic...