目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的... 查看原文 Mapping regulatory variants controlling gene expression in drought response and tolerance 笔记 的。为了从eQTL中筛选出与可信度更高的基因,作者进行了孟德尔随机化检验(MRtest)筛选出...
MrBase 是一个基于Web的关系型数据库管理系统,它具有用户友好的界面和强大的功能。下面是如何使用 MrBase 的步骤: 1. 注册和登录:首先,我们需要注册一个 MrBase 的帐户。注册完成后,我们可以使用所提供的凭据登录到系统中。 2.创建数据库:一旦成功登录,我们可以开始创建一个新的数据库。我们需要为数据库指定一个...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
mrbase是一个强大的基因组和转录组数据库,提供了大量的基因组学和转录组学数据资源。下面是mrbase使用的步骤: 1. 打开mrbase官方网站,在搜索栏中输入感兴趣的基因或转录本的名称。 2. 筛选结果。在搜索结果页面,可以根据不同的过滤选项,如物种、数据类型、样本类型等进行筛选,以找到最符合需求的数据。 3. 查看...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
MR-Base是一个在线平台，提供遗传因果推断分析的工具和数据库。平台整合了基因组关联研究（GWAS）、表达量遗传调控（eQTL）数据以及其他基因组学数据集，允许用户搜索、浏览和获取基因与性状关联信息。此外，平台提供了一系列工具，包括孟德尔随机化分析、倾向性评分匹配和双重倾向性评分匹配等，用于处理混淆...
使用在线的MR数据库,这里面的数据库是包括UKB,IEU和芬兰数据库的 相关的参数比如P值等可以自行修改 选择好相应的暴露 左键点中即选中,会变成蓝色 选择结局,在search里面输入diabetes 结局选择好后 点run MR 里面可以选择进行哪些MR分析,一般会选Weighted median, weighted mode, simple mode, MR-PRESSO, and...
MR数据流向示意图 步骤1 输入文件从HDFS流向Mapper节点。在一般情况下,map所需要的数据就存在本节点,这就是数据本地化计算的优势,但是往往集群中数据分布不均衡(1000台节点,数据冗余度是10,每个文件并不能均匀分布在每个节点上),而MR的计算槽位是均匀分布在节点上的(配置文件中指定的map和reduce数量),所以势必有些...