什么是mNGS? 宏基因组/转录组高通量测序(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)通过对临床样本的DNA或RNA进行鸟枪法测序,对样本中的全部生物基因组进行高通量测序,可以无偏倚地检测多种病原微生物(包括细菌、真菌、病毒、寄生虫、特殊病原体、耐药基因、毒力基因)。 传统的病原微...
一个典型的mNGS生物信息学流程包括一系列从原始输入FASTQ文件的分析步骤,包括低质量和低复杂度的过滤、接头去除、去除人类宿主序列、通过参考数据库比对微生物识别、序列组装及根据reads或者组装出的连续序列(contigs)进行各个水平的分类,如科,属和种。流程中的每一步都必须仔细评估数据处理的准确性和完整性,并考虑到错...
3、应用实例:如mNGS报告了大肠埃希菌,通过在「高级检索」中设定患者信息(假设患者免疫状态为「抑制」、年龄为「18-65岁」)、证据等级(假设为「BALF」),搜索出了一篇相关的报道,为大肠埃希菌可能是导致此患者呼吸道感染的致病菌提供了文献证据。 检索出的文献和信息包含病原信息和患者信息,患者信息包括年龄、性别、...
mNGS指宏基因组二代测序,临床也称之为病原二代测序、病原宏基因组测序、病原高通量测序,能够快速、客观的检测临床样本中多种病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、支原体、衣原体、寄生虫、特殊病原体、耐药基因、毒力基因),尤其适用于急危重症和疑难感染...
mNGS:m 指宏基因组,也称元基因组,是标本中全部生物(人、微生物)基因组的总称。mNGS指对标本中的全部生物基因组进行 NGS 分析。在感染性疾病诊断领域中,侧重于微生物基因组的识别和分析。 诊断宏基因组学:指用于临床诊断目的的宏基因组学。该词字面含义仅指诊断,但实际上包括临床治疗、感染控制等。
许多研究人员现在使用mNGS或16S rRNA基因靶向测序来深入描述微生物群落。越来越多的人意识到微生物组及其在急性和慢性疾病状态中的可能作用。然而,基于微生物组的测试还没有被临床验证用于疾病的诊断或治疗,部分原因是由于对微生物组的复杂性及其在疾病发病机制中的作用的认识还不完全。
什么是宏基因组二代测序(mNGS)(即metagenomicNextGenerationSequencing),这种检测方法是不基于培养,直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。这是一种可广泛分析临床样本微生物组(细菌,真菌,病毒)的高通量测序方法。宏基因组二代测序,...
2017年2月,夏涵回国创办予果生物,全面负责公司经营及技术研发,是国内最早将游离核苷酸(cell-free)宏基因组高通量测序技术(mNGS)转化于临床的企业。彼时,中枢神经系统感染、呼吸道系统感染、血液感染等人类多发感染疾病,约有50%的临床病例缺少明确的诊断标准,需要专家依靠经验进行诊断和治疗。同时,微生物检测较为落后,普...
《下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识》通过解答宏基因组二代测序(mNGS)在下呼吸道感染(LRTI)临床实践中的具体问题,规范了mNGS在 LRTI 中的临床应用,为更好、更规范地解读mNGS报告提供了指引。 一、mNGS的应用 mNGS是基于高通量测序技术以及生物信息学分析对病原体进行基因测序的临床实验室诊断技...
解读mNGS 报告的流程 (1)分析报告质量,判断结果可信程度:根据送检标本类型、报告形式及内容判断检测结果是否规范可信。 (2)对 mNGS 检测出的微生物进行分级:判断 mNGS 检出的微生物为致病性微生物、条件致病微生物还是定植微生物(参照表 1)。 致病性微生物在肺内定植可能性低,阳性结果多考虑为导致感染的病原。