htseq-count -s no -t miRNA -i ID -o ${name_array[$n]}"-"$num".hc.sam" ${name_array[$n]}"-"$num".sam" miRNA.gff3 | tee ${name_array[$n]}"-"$num".count" ls ${name_array[$n]}"-"$num".count" >> count.list #echo ${name_array[$n]}"-"$num"count" done done...
第四, 在得到高质量的clean数据之后就是进行比对,将miRNA的数据比对到相应物种的基因组上,这里我用的是bowtie软件,(bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 Reference/genome.fa trim_data1.fq -S data1.sam 2>mapping.info),我分析的植物miRNA-seq的数据,比对率超过了90%。 第五, 在得到比对的结果之后就是用...
使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果 对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014的文章...
1、如上所述的一种构建植物中pre-miRNA 5’RACE-seq文库的方法,步骤6所述的第一轮引物,上引物如序列表SEQ ID No.1所示,下引物如序列表SEQ ID No.2-SEQ ID No.11所示。 2、如上所述的一种构建植物中pre-miRNA 5’RACE-seq文库的方法,步骤6所述的第二轮引物,上引物如序列表SEQ ID No.12所示,下引物...
使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果 对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。
但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014; 的文章Evidence for the biogenesis of more than 1,000 novel human microRNAs的流程就值得介...
第三,由于分析的是miRNA-seq,这里对clean的reads还要进行一下长度分布的统计,一般就是自己写脚本,我用的python。 importsys miRNA_len={} fori inrange(0,52): miRNA_len = 0 fori inopen(sys.argv ): if i.startswith('@') ori.startswith('+'): ...
使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果 对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。
本方法利用pri-mirna5’端的特殊引物设计,通过两轮pcr,特异性的克隆出丰度极低的pri-mirna,构建出了高质量的pri-mirna3’race-seq文库。 附图说明 图1为本发明建库流程简图。 具体实施方式 实施例1 一、植物总rna的提取 (1.1)、取100mg新鲜的植物组织于干净的1.5ml离心管中。
但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014; 的文章Evidence for the biogenesis of more than 1,000 novel human microRNAs的流程就值得介...