对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 很多粉丝留言想听miRNA-seq数据分析流程,主要是上游分析流程,因为下游其实就是表达矩阵分析。跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。 其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行...
使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果 对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014的文章...
对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释很多粉丝留言想听miRNA-seq数据分析流程,主要是上游分析流程,因为下游其实就是表达矩阵分析。跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅是针对已知的miRNA进行定...
1 miRNA-Seq环境搭建 参考序列文件 在前一篇我们已经准备好了MIRBASE的miRNA参考序列文件。 mkdir -p ~/refer/miRNA cd ~/refer/miRNA wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 38589 reads wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/mature.fa.gz ## 48885 reads wget https://www...
记录miRNA-seq数据分析方法 ,参考jm生信技能树的——构建miRNA-seq数据分析环境 step1:使用TBtools小工具sRNAseqAdaperRemover去除测序原始数据接头,参考——[小RNA数据分析-第一步(去除测序数据接头)](file:///F:/%E4%B8%8B%E8%BD%BD/%E7%BD%91%E9%A1%B5/%E5%B0%8FRNA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%88...
GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 虽然表达矩阵的获取是类似的(不管是表达量芯片,还是测序), 但是下游分析千差万别: 而miRNA-seq数据虽然也是表达量矩阵,差异分析,差异miRNA列表,但是miRNA本身是没有后续分析的丰富的数据库资源的。之前...
很多粉丝留言想听miRNA-seq数据分析流程,主要是上游分析流程,因为下游其实就是表达矩阵分析。跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。 其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行定量,这样的话无需比对到物种参考基因组,仅仅...
miRBase 22跟21相比,删掉了52个人类miRNA,新增了156个,13个改名了,21个序列还变了。那我的miRNA-seq数据岂不是要重新分析了? 别急,先搞清楚miRNA-seq分析时用的基因组注释文件跟miRBase相差多大。 最常用的注释文件是Ensembl,扩展阅读: 《同样算read counts,为什么公司跟师兄算的结果不一样?| Ensembl、UCSC、...
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nf-core / circrna是一种生物信息学流水线,用于定量,miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析(当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据,已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37, GRCh38 v34)。 pipleline已以模块化方式开发,除了circRNA定量外,还允许用户选择miRNA靶标预测,差异表达分析(或两者),以促进围...