首先我们通过查找Predicted_Targets_Info.default_predictions.txt文件, 得到mRNA跟miRNA Family之间的调控关系 接下来我们需要再做一步转换,将miRNA Family展开,用里面包含的所有成员miRNA来代替。我们可以读入miR_Family_Info.txt文件中的信息,然后将格式转换成list,list的name是每个miRNA Family的名字,内容就是这个家族中...
miRNA在不同物种间具有保守性,通过预测不同物种的miRNA靶标位点,targetscan的开发团队发现其结合位点也具有一定的保守性,可以划分成以下几类: 进一步根据结合区域的特定和miRNA的多序列比对结果,划分成不同的miRNA family。 根据序列在不同物种间的保守性,将miRNA family划分成Broadly、poorly、conserved。 可以看到,Targe...
Genomics, Transcriptomics and miRNA Family Resources for Phalaenopsis aphrodite and the Orchid FamilyPhalaenopsis aphrodite, an epiphytic orchid native to Taiwan and Philippines, possesses many desirable horticultural characteristics permitting its use as parents in breeding commercial orchid hybrids. In order ...
我们都知道miRNA在不同物种间具有保守性,通过预测不同物种的miRNA靶标位点,targetscan的开发团队发现其结合位点也具有一定的保守性,可以划分成以下几类 进一步根据结合区域的特定和miRNA的多序列比对结果,划分成不同的miRNA family, 通过以下链接可以查询targetscan整理的miRNA family信息 http://www.targetscan.org/cgi-b...
其实，基于 MIRNA作用机制，可将其分成两个区域，其5'端的核苷酸代表了“姓”( family)区域，该区域匹配这些框中的一个，而其他的区域类似“名”( forename)，特异白匹配特定的靶，在动物中，单个mRNA可识别多个mRNA靶标，一个mRNA靶标可被多个 miRNA识别。根据 miRNA保守的5'端“种子”顺序同源性搜索分析，推测...
根据序列在不同物种间的保守性,将miRNA family划分成以下4类 broadly conserved conserved poorly conserved other mirbase annotations 以TargetScanHuman为例,检索界面如下 在该数据库中, 还包含其他物种的miRNA靶基因信息,比如mouse, 那么在TargetScanHuman和...
比较了不同癌细胞株分泌的外泌体中的let-7 miRNA family members 的表达水平,将胃癌细胞株AZ-P7a的外泌体与其他细胞株如肺癌细胞株SBC-3/DMS-35/NCI-H69,结直肠癌细胞株SW480/SW620和胃癌细胞株AZ-521的外泌体中的 let-7 miRNA家族的表达水平。结果是,他们发现let-7 miRNA家族在胃癌细胞株AZ-P7a分泌...
15. Cao Q, Lu K, Dai S, et al. Clinicopathological and prognostic implications of the miR-200 family in patients with epithelial ovarian cancer. Int J Clin Exp Pathol, 2014, 7(5): 2392-2401. 16. Prislei S, Martinelli E, Mariani...
UTR-miRNA pairing :miRNA 与 UTR 互补配对的区域 mature miRNA sequence :成熟的 miRNA 序列 miRNA family:miRNA 家族 参考文献: Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets
microRNAs（miRNAs）是一种小的，类似于siRNA的分子，由高等真核生物基因组编码，miRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。miRNAs在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA...