GO富集分析主要涉及三个分支:生物过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。下面将详细解释这三个分支在GO富集分析中的含义、应用方法,并提供相关的分析步骤、工具推荐及注意事项。 一、BP、CC、MF在GO富集分析中的含义 生物过程(BP): 描述生物学上发生的...
1. BP（Biological Process）代表生物过程，涉及基因或蛋白质参与的生物学活动，例如细胞代谢、信号传导等。2. CC（Cellular Component）指的是细胞组成，描述基因或蛋白质在细胞中的位置和结构，例如核内、线粒体等。3. MF（Molecular Function）指的是分子功能，表示基因或蛋白质所具有的化学活性或能力...
BP（BiologicalProcess）、CC（CellularComponent）和MF（MolecularFunction）是基因功能分类的重要概念。BP指生物过程，描述基因或蛋白质参与的生物学活动，如细胞代谢、信号传导等。CC指细胞组成，用于描述基因或蛋白质所在位置和结构，如核内、线粒体等。MF指分子功能，表示基因或蛋白质具有的化学活性或能力...
1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开GO BP、CC、MF三合一双侧条形图绘制页面,左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191 图1.可视化页面 2,示例数据 点击右侧“示例...
基因本体论(Gene Ontology,GO)计划(http://www.geneontology.org)为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成三部分:分子功能(Molecular Function,MF)、生物过程(Biological Process,BP)和细胞组分(Cell Component,CC)。 GO功能富集分析结果,一般都会包含至少4列:GOterm,基因数,P值和类别...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开GO BP、CC、MF三合一双侧条形图绘制页面,左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。 上面这张figure分了四张柱形图来分别展示BP,CC,MF和...
GO富集分析是生信文章中常用的一种技术。它可以对基因和基因产物按照其参与的BP(Biological Process,生物过程)、MF(Molecular Function,分子功能)、CC(Cellular Component,细胞组分)三个方面进行分类注释,大致了解某个物种的全部基因产物的功能分类情况,对基因进行注释和分类,将发生差异的基因富...
http://www.bioinformatics.com.cn/batch_assign_goid_into_go_term_bp_cc_mf_t019 2, 粘贴待转换的GOIDs 将需要转换的GOID粘贴到必需输入输入框。一行一个GOID,名字必需是GO+冒号+数字串。 3, 提交,并下载结果 粘贴好待转的GOIDs后,点击提交按钮。约3s后,会出现结果页面。
基因本体论（GO）的BP、CC、MF三部分通过条形图清晰展示了富集结果的直观可视化。以下是详细的步骤和关键信息：GO，一个对基因、产物和序列进行结构化描述的工具，划分为MF（分子功能）、BP（生物过程）和CC（细胞组分）三个维度。对于其富集分析结果，通常包含GO术语、基因数量、P值和类别等信息。要创建...