metawrap quant_bins -b REFINED_BINS/metawrap_50_10_bins -t 4 -o QUANT_BINS -a contigs/all_contigs.fasta reads/*_1.fastq reads/*_2.fastq Quant_bins模块的具体参数: $ metawrap quant_bins -h 用法:metaWRAP quant_bins [选项] -b bins_folder -o output_dir -a assembly.fa readsA_1.fastq...
2) 提纯Bin_refinement:对多种Bin结果评估和综合分析,获得更好的结果; 3) 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 5)气泡图Blobology: blobplots可视化群体的contigs的物种和Bin分布 6) 物种注释Classify_bins: 对Bin物...
三、丰度计算结果 metawrap quant_bins结果: ls -alh Bin_quant/ 总用量 296K drwxrwxr-x 4 cheng WST 4.0K 10月 26 15:26 . drwxrwxr-x 14 cheng WST 4.0K 10月 23 19:46 .. drwxrwxr-x 2 cheng WST 4.0K 10月 15 17:00 assembly_index -rw-rw-r-- 1 cheng WST 259K 10月 15 17:23...
quant_bins 分箱丰度分析模块。 kraken2 短序列reads/重叠群contigs分类学注释模块。 blobology 数据可视化模块。 annotate_bins 分箱基因功能注释模块。 classfy_bins 分箱分类学注释模块。 步骤一:read_qc 高通量测序的建库过程中,由于各种物理化学原因或者污染,以及测序仪本身的问题,都会导致问题序列的产生。所以高...
quant_bins 定量Quantify the abundance of each bin across samples blobology 可视化Blobology module kraken 物种注释KRAKEN module 想查看每个模块的具体参数,如组装metawrap assembly -h Usage: metawrap assembly [options] -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_dir ...
重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 气泡图Blobology: blobplots可视化群体的contigs的物种和Bin分布 物种注释Classify_bins: 对Bin物种注释 基因注释Annotate_bins: 预测Bin中的基因 ...
metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 36 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 下一个:将bin的丰度提取出来: metawrap quant_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -t 36 -o QUANT_BINS -a ASSEMBLY/final_as...
metawrap quant_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -t 8 -o QUANT_BINS -a ASSEMBLY/final_assembly.fasta CLEAN_READS/ERR*fastq 结果包括bin丰度热图QUANT_BINS/genome_abundance_heatmap.png。 如果想自己画图,原始数据位于QUANT_BINS/abundance_table.tab ...
metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 36 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 下一个:将bin的丰度提取出来: metawrap quant_bins -b BIN_REFINEMENT/m...
metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 36 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 下一个:将bin的丰度提取出来: metawrap quant_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -t 36 -o QUANT_BINS -a ASSEMBLY/final_as...