metawrap bin_refinement -o REFINED_BINS -t 4 -c 50 -x 10 \ -A INITIAL_BINNING/maxbin2_bins -B INITIAL_BINNING/metabat2_bins -C INITIAL_BINNING/concoct_bins Bin_refinement模块的具体参数: $ metawrap bin_refinement -h 用法:metaWRAP bin_refinement [选项] -o output_dir -A bin_folderA [...
查看bin-refinement的python脚本的shebing行:“#!/usr/bin/env python2.7”,该代码指定使用python2.7运行,所以才会无法导入bio模块,因此最简单的办法就是修改shebang行 在metawrap环境下,运行which python3,出现路径,将该路径替换到shebang行,同时python 2.7替换成3.8,重新运行bin提纯,就能正常运行了。
1) 分箱Binning: 利用MaxBin2, metaBAT2, 和CONCOCT三个软件分别分箱; 2) 提纯Bin_refinement:对多种Bin结果评估和综合分析,获得更好的结果; 3) 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 5) 气泡图Blobology: blobp...
步骤五:bin_refinement bin提纯 由于上一步使用三种软件分箱,而这三种软件各有优缺点,我们需要使用checkM对三个分箱软件的结果进行提纯。 CheckM是一款用于评价基因组质量的工具。它首先利用已测序的完整细菌基因组作为参考,建立基因组的系统发育树,并为每一个分类群(即特定的物种类群)创建一组单拷贝管家基因。在实...
错误1:metawrap bin_refinement运行错误 metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 8 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 显然这个步骤出现错误:意思是我没有正确指定数据库: ...
错误1:metawrap bin_refinement运行错误 metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 8 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 显然这个步骤出现错误:意思是我没有...
利用MaxBin2, metaBAT2, 和CONCOCT三个软件分别分箱; 提纯Bin_refinement:对多种Bin结果评估和综合分析,获得更好的结果; 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 ...
1) 分箱Binning: 利用MaxBin2, metaBAT2, 和CONCOCT三个软件分别分箱; 2) 提纯Bin_refinement:对多种Bin结果评估和综合分析,获得更好的结果; 3) 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 ...
bin_refinement 分箱提纯Refinement of bins from binning module reassemble_bins 重装分箱Reassemble bins using metagenomic reads quant_bins 定量Quantify the abundance of each bin across samples blobology 可视化Blobology module kraken 物种注释KRAKEN module ...
错误1:metawrap bin_refinement运行错误 metawrap bin_refinement -o BIN_REFINEMENT -t 8 -A INITIAL_BINNING/metabat2_bins/ -B INITIAL_BINNING/maxbin2_bins/ -C INITIAL_BINNING/concoct_bins/ -c 50 -x 10 显然这个步骤出现错误:意思是我没有正确指定数据库: ...