metawrap classify_bins模块在NCBI_nt和NCBI_tax数据库基础上,使用工具Taxator-tk对每条contigs进行分类学注释,然后再估计bins的分类。注释结果的准确性也是由参考数据库决定的。 物种注释 步骤十 annotate_bins 分箱基因功能注释 bin_funct_annotations prokka完成的gff文件 bin_translatedgenes 翻译后的基因蛋白序列 bin...
metawrap annotate_bins -b REFINED_BINS/metawrap_50_10_bins -o FUNCT_ANNOT -t 4 Annotate_bins模块的具体参数: $ metawrap annotate_bins -h 用法:metaWRAP annotate_bins [选项] -b bin_folder -o output_dir 选项: -b STR 包含分箱结果的文件夹 -o STR 输出目录 -t INT 线程数 输出文件: bin_f...
3) 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 5)气泡图Blobology: blobplots可视化群体的contigs的物种和Bin分布 6) 物种注释Classify_bins: 对Bin物种注释 7) 基因注释Annotate_bins: 预测Bin中的基因 软件安装 系统要求 ...
`metawrap annotate_bins`利用Prokka进行基因功能注释。 命令: ```shell (metawrap-env) [user@server ~] # metaWRAP annotate_bins -o annotate_bins -t 96 -b reassemble_bin/reassembled_bins/ ``` 结果文件说明: - bin_funct_annotations prokka完成的gff文件 - bin_translatedgenes 翻译后的基因蛋白序列 -...
metawrap classify_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -o BIN_CLASSIFICATION -t 36 CheckM_databases数据库下载地址: https://data.ace./public/CheckM_databases/ 功能注释 metaWRAP annotate_bins -o FUNCT_ANNOT -t 32 -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins/ ...
metawrap classify_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -o BIN_CLASSIFICATION -t 36 CheckM_databases数据库下载地址: https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/ 功能注释 metaWRAP annotate_bins -o FUNCT_ANNOT -t 32 -b BIN_REFINEME...
6) 物种注释Classify_bins: 对Bin物种注释 7) 基因注释Annotate_bins: 预测Bin中的基因 软件安装 系统要求 系统要求是由处理的数据量决定的。其中一些软件,如KRAKEN、metaSPAdes对内存需求较高,推荐服务器至少8+核,64+GB内存,仅支持64位Linux系统。对于300 GB以上数据用户,推荐配置48核,512内存或更高。
metaWRAP annotate_bins -o FUNCT_ANNOT -t 8 -b BIN_REASSEMBLY/reassembled_bins/ 每个bin基因注释的gff文件见FUNCT_ANNOT/bin_funct_annotations head FUNCT_ANNOT/bin_funct_annotations/bin.1.orig.gff NODE_75_length_31799_cov_0.983871 Prodigal:2.6 CDS 2866 3645 . - 0 ID=HMOHEJHL_00001;inference=...
The metaWRAP-Quant_bins module can be used to quickly estimate the abundance of each bin in each of the metagenomic samples. MetaWRAP-Classify_bins can be used to conservatively but accurately estimate their taxonomy. Finally, the bins can be functionally annotated with the metaWRAP-Annotate_bins ...
解决:修改～/soft/anaconda3/envs/metawrap/bin/metawrap-modules/annotate_bins.sh 参考: https://github.com/bxlab/metaWRAP/issues/193 https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/master/bin/metawrap-modules/annotate_bins.sh 之后可能会遇到问题 This copy of tbl2asn is more than a year old. Please down...