此外,还有蛋白质互作网络(Protein-proteininteractionnetwork)的分析结果,可以自行下载PDF文件(如图七)。Metascape还提供了DisGeNET分析,可以查看这50个基因相关的疾病信息(如图八)。还有转录因子靶点等分析(如图九),这些都是Metascape功能的一部分。在使用Metascape时,记得引用网站提供的文献,以确保你的研究符合学术规范。0 ...
图2以121个流感宿主因子为例,说明了Metascape对单一基因列表的主要分析结果。 图2. a) Metascape去除功能冗余的富集通路,用简单明了的bargraph显示出最主要的实验结果;b)富集生物通路可以以网络方式表现,这更利于理解通路或生物过程之间的关系;c)Metascape自动抽取提交列表中蕴含的蛋白质互作用网络;d)为了更容易理解这...
然而,因描述符和本体(如GO、KEGG等)冗余,分析结果往往包含高度相关的术语,导致解释复杂化。为解决这一问题,Metascape通过计算富集术语间的相似性,并进行层次聚类,将冗余术语合并为代表性聚类,从而简化结果,提供更清晰的分析输出。 下图每个点代表一个条目,每种颜色代表一个簇的ID/p-value(这里metaspace对富集条目进行...
metascape富集分析工具使用(三),网页展示结果解读, 视频播放量 2520、弹幕量 1、点赞数 24、投硬币枚数 10、收藏人数 53、转发人数 5, 视频作者 生信交流平台, 作者简介 生信博士,分享生信技能。合作请联系:,相关视频:metascape富集分析工具使用(二),metascape富
Metascape于2019年发表在Nature communication上,已被引用超过5800次。操作简单,结果明了,图形高大上,不用编辑就可以直接放在文章里面。如果非要编辑,比如我想改改颜色,也非常方便,详见图4-图7。#生物信息学 #数据可视化 #富集分析 #CNS #数据分析 #学习
一、Metascape简介 Metascape(http://metascape.org/) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络...
免费使用:Metascape网站免费使用,对科研人员来说是一个极具吸引力的优势。 二、Metaspace部分分析结果图 1.富集条目的聚类网络图 富集分析是基因注释的核心,通过将输入基因列表与成千上万的基因集比对,揭示潜在的生物学见解。然而,因描述符和本体(如GO、KEGG等)冗余,分析结果往往包含高度相关的术语,导致解释复杂化。
我们知道Metascape中整合了很多注释数据库,包括GO Biological Processes,Canonical Pathways,KEGG Pathway,Reactome Gene Sets,WikiPathways等等,这篇文章就巧妙的使用了展示GO富集分析结果的方式来展示多个数据库的富集分析结果。就是用不同的框来分开展示每一个类别的富集分析结果。前面小编也给大家展示过,如何展示GO富集分...
Metascape是一个用于生物信息学研究的在线工具,它可以用于基因和蛋白质的功能富集分析、通路分析、蛋白质互作网络分析等。通过Metascape进行分析后,可以得到丰富的结果数据,包括富集通路、功能注释、蛋白质互作网络等信息。 在解读Metascape结果时,首先可以关注富集通路的结果,了解在研究中哪些通路或功能模块被发现与研究课题...
一、Metascape简介 Metascape(http:///) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的...