零代码功能富集分析(Metascape数据库数据库使用教程) 本文原发于简书博客(柳叶刀与小鼠标):GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)介绍生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库… 柳叶刀与小鼠标 landscape还有什么性质与泛化性有关?ICLR 2024 虚无
Metascape数据库 Metascape将40多种生物信息学知识库整合到一个单一的用户界面中。数据库更新更快,效果更好。输出结果容易理解,图表质量较高。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。 绘制 1. 打开数据库 Me...
Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站一、Metascape简介Metascape(http://metascape.org/)是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助...研究人员造成了列表分析就是等同于知识驱动的富集分析的误解。而数据驱动的蛋白质互作用网络分析就鲜有网站支持。其实除了以上描述的Metascape提供的林林总总的分析功能之外,...
作为用户,我们只需要上传基因列表到Metascape网站,就能快速获得丰富的基因注释富集分析结果。总之,Metascape是一个方便、快速且准确的基因注释分析网站。 Metascape网站在2015年推出,在随后短短四年内它就获得了广泛的关注和应用,被超过4000篇文献引用,其中不乏Cell、Nature、Science级别的顶刊文章,并且这些文献中有超过一半...
ClueGO也是Cytoscape的插件,在cytoscape中本地化安装使用,除了做功能富集外,主要是具有强大的绘图功能,目前被很多文章引用。 以上工具中,DAVID和Metascape甚至clusterProfiler等R包的结果我都只作为参考,真正做分析的时候还是需要用最新的数据库。当然,Metascape和ClueGO可作为后期绘图补充。
生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保...
从数据库种类来说,Metascape整合了GO、KEGG、STRING、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析,致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。Metascape网站在文章发表之前就已经被350多篇论文引用。
☞ 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO ☞ 比DAVID强一万倍的基因注释工具 Matascape做完富集分析之后,会得到很多结果表和图。网站也提供打包下载。如下图所示,分析结束之后,在网页的最上面,会有一个“All in one zip File”, 点击就可以下载。
Metascape拥有先进的技术，前端采用Angular JavaScript框架，后台运用MySQL数据库与Python编程语言，每月更新数据库超过40个，确保提供精准结果。用户仅需上传基因列表至网站，即可迅速获取丰富且详尽的基因注释富集分析结果。总体而言，Metascape是一款高效、准确且便捷的基因注释分析平台。自2015年推出以来，Metascape...
Metascape网站专门面向无代码基础的组学研究人员进行设计,整合了DAVID的富集分析功能和STRING的PPI蛋白互作网络分析功能。集成数据库最多、数据库更新快、无需下载、分析速度快、出图美观、操作简便等优点,使其在2019年一经问世,便迅速受到了广泛的关注及应用。作者甚至看到身边有很多专门做生信的同学,做富集分析和PPI网络...