易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (四) 差异m6A修饰区域的鉴定 差异m6A修饰(即差异p...
随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
m6A修饰普遍存在于mRNA 和多种类型的非编码RNA,通过影响RNA加工成熟、稳定性、mRNA运输与翻译、RNA编辑等方面,参与肿瘤发生和转移、胚胎发育、DNA损伤修复和病毒感染等生物学功能和作用机制的研究。 锐博生物提供的MeRIP-Seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing)利用单克隆抗体抓取存在m6A修饰 的RNA片段,结合高通...
一、技术原理：甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验基于表观转录组学，研究RNA上的化学修饰如何调节基因表达。m6A修饰，即腺苷酸N6位的甲基化，是mRNA上含量最高的修饰，参与mRNA的生命周期，如稳定性调控、RNA结构调控和microRNA靶标识别等。m6A修饰主要富集在终止密码子和3’UTR附近，通过特定...
MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上...
MeRIP-Seq优点: 1、针对全基因组范围内检测m6A的存在; 2、m6A的检测结果可以精确到基因; 3、能够明确每个基因的修饰水平,进行组与组之间比较; 4、检测平台为测序仪,仪器限制低,通用性高,重复性好; 5、结果可以和其他组学联合分析,从多维度讲述机制机理故事; ...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。
m6A/MeRIP-seq实验需要大量的RNA样本(> 120 ug总RNA)[3, 4, 12-14],不适用于来源有限的样本,比如珍贵的临床样本,特别是组织部位或低产量筛选细胞。尽管一些改进方法已大幅减少了m6A/MeRIP-seq实验所需的RNA量[17, 18],目前尚无方法可在单碱基分辨率水平检测这些限量样本的m6A表达谱。