MeRIP-seq结果显示,在DHPS基因敲低的A375细胞中,大部分基因的m6A峰值丰度降低(图2D)。随后对m6A峰值分布的研究表明,对照组和实验组的总m6A分布模式相同(图2E)。高度集中在m6A位点的共有基序“RRACH”存在于对照和实验组细胞中(图2F)。富集分析表明,DHPS对黑色素瘤细胞信号通路的调节可能与RNA稳定性有关(图2G,...
对成骨诱导3天的hBMSCs和未处理的对照细胞进行m6A MeRIP-seq分析,以探索未处理的hBMSCs中m6A修饰的概况以及成骨过程中m6A在hBMSCs中的变化。通过成骨诱导组和对照组m6A MeRIP-seq,共检测到13815和16657个m6A峰,分别对应8012和8729个转录本。作者通过motif分析,发现最常见的m6A位点GGAC序列,在m6A峰中显著富集(诱导组...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
利用CRISPR/Cas9基因编辑技术在水稻品种Nipponbare中敲除OsALKBH9基因。通过细胞学分析、转录组分析、m6A-seq分析等方法研究OsALKBH9的功能和作用机制。利用体外去甲基化实验和m6A-IP-qPCR等技术验证OsALKBH9的去甲基化活性。 结果图形 (1)敲除OsALKBH9导致水稻雄性不育,且OsALKBH9在雄性育性中的调控依赖于其m6A去甲...
1. 为什么MeRIP-seq需要测两个样本(Input和IP)? 常规m6A MeRIP-seq中Input和IP构成一对组合。IP样品使用m6A抗体特异性富集具有甲基化修饰的RNA,而Input则是仅含有RNA的对照,通过消除背景噪音和峰值PEAK计算,将两个样本不同m6A区域计算出来。 2. MeRIP-seq后续的实验怎么安排?
2.根据权利要求1所述的基于MeRIP‑Seq技术挖掘绵羊骨骼肌发育相关基因的方法,其 6 特征在于,所述对所提取的绵羊背最长肌组织RNA依次进行RNA特异性m A抗体免疫沉淀、文 库构建和测序,包括: 对所提取的绵羊背最长肌组织RNA通过VAHTS mRNA捕获珠进行富集,并加入ZnCl 后95 2 6 ℃温育5min‑10min,以进行RNA特异...
前面我们分享了跟着Nature Medicine学MeDIP-seq数据分析,数据和代码都是公开,这个2G的压缩包文件,足以学习3个月,写60篇教程。 这里面的MeDIP-seq指的是DNA,那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序,恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP-seq文章图表复现代码,我借花献...
MeRIP已被广泛应用,但在m6A分析中无法实现高分辨率. PA-m6A-seq,mi CLIP和m6A-CLIP提高了分析分 辨率,但由于重复性差和工艺复杂.特别是,这些方法耗时(>2天)和费用昂贵. 为了解决这些问题,A&D Technology Corporation联合开发了一种新的方法:CUT&RUN M6A RNA-测序( (利用核酸酶对m6A测序进行 裂解和回收))....